یکی از روش های مفید بررسی جداسازی یون های آلاینده ی آب روش شبیه سازی دینامیک مولکولی می باشد. در این پایان نامه شبیه سازی دینامیک مولکولی جداسازی یون های کلر و سدیم از آب با استفاده از نانو صفحات بور نیترید در دو شرایط جداگانه بررسی شده است، که این شرایط عبارتند از: 1- بدون اعمال هیچ نیرویی بر یون ها 2- اعمال نیرو به صورت میدان الکتریکی تمامی شبیه سازی های انجام گرفته توسط نرم افزار namd صورت گرفته است.