استفاده از علف کش ها در خاک کشاورزی ممکن است تغییر در فراوانی، تنوع و فعالیت جوامع میکروبی خاک،که نقش مهمی در فرایند های کشاوری پایدار مانند چرخه کربن و نیتروژن دارد، ایجاد کند. هدف از این مطالعه تعیین اثرات کاربرد علف کش های تیوبنکارب و بوتاکلر روی دینامیک کربن و نیتروژن در مزارع شالیزاری بود. این پژوهش در مزارع شالیزاری ایستگاه تحقیقات کشاورزی دشت ناز ساری انجام شد.آزمایش فاکتوریل شامل دو علف کش (تیوبنکارب و بوتاکلر)، با کاربرد سه سطح (50، 100 و 150 % از دوز توصیه شده مزرعه) و شش مرحله نمونه برداری (صفر (یک ساعت)، 10، 30، 45، 60 و 120 روز پس از کاربرد علف کش در عمق توسعه ریشه برنج) به صورت طرح بلوک های کامل تصادفی در سه تکرار در سال 1391 ترتیب داده شد. نتایج نشان داد که کاربرد بالاترین غلظت تیوبنکارب در مرحله اول کربن بیوماس میکروبی را 19 درصد و پایین ترین غلظت بوتاکلر در مرحله سوم (30 روز) کربن بیوماس میکروبی را 35 درصد کاهش داد. کربن بیوماس میکروبی در مراحل سوم و پنجم (به ترتیب 22 و 89 درصدی) پس از مصرف تیوبنکارب و مرحله پنجم (97 درصد) پس از مصرف بوتاکلر افزایش پیدا کرد. این دو علف کش در بقیه مراحل تأثیر معنی داری بر کربن بیوماس میکروبی نداشتند. نیتروژن بیوماس میکروبی در همه غلظت ها کاهش پیدا کرد. دوز توصیه شده تیوبنکارب در همه مراحل نیتروژن بیوماس میکروبی را (7 تا 63 ) کاهش داد. بوتاکلر نیز در همه مراحل و با غلظت بالا نیتروژن بیوماس میکروبی را کاهش داد،کاربرد سطوح مختلف تیوبنکارب تأثیر معنی داری بر معدنی شدن کربن نداشت (به جز مرحله چهارم)، ولی بوتاکلر در بیشتر مراحل معدنی شدن کربن را کاهش داد. دوز توصیه شده تیوبنکارب میزان آمونیفیکاسیون خالص را (167 تا 468 درصد) افزایش داد.با افزایش غلظت تیوبنکارب از مرحله اول تا پنجم نمونه برداری، میزان شدت نیتریفیکاسیون خالص و شدت معدنی شدن خالص نیتروژن افزایش پیدا کردند. ولی در مرحله ششم نمونه برداری، هر سه پارامتر به شدت مهار شدند. میزان آمونیفیکاسیون خالص با افزایش غلظت بوتاکلر در همه مراحل نمونه برداری افزایش پیدا کرد. در حالی که شدت نیتریفیکاسیون خالص و شدت معدنی شدن خالص نیتروژن کاهش یافتند. به طور خلاصه دینامیک کربن و نیتروژن ممکن است تحت تأثیر زمان نمونه برداری و سطوح مختلف علف کش تیوبنکارب و بوتاکلر قرار بگیرد.