استفاده ی گسترده از کلون ها ی تجاری در صنوبرکاری های کشور، ذخایر ژنتیکی بومی این درختان ارزشمند را تهدید می کند. همچنین توان بالای گونه های مختلف صنوبر در تشکیل دورگ های درون و بین گونه ای، شناسایی و تفکیک آن ها را در زیرآرایه های گیاهشناسی با مشکل مواجه می کند. از این رو بررسی امکان تمایز کلون ها و دورگ های صنوبر به منظور شناسایی منشاء پیدایش و قرابت با پایه های والد برای مدیریت پایدار و استمرار تولید چوب ضروری به نظر می رسد. بر این اساس، در تحقیق حاضر 12 کلون شامل پنج کلون از گونه ی p. nigra ، سه کلون از گونه یp. deltoides، یک کلون از هر یک از گونه های p. alba،p. trichocarpa ، p.euphratica و دورگ p. alba ? euphratica با هدف بررسی امکان تفکیک با استفاده از نشانگرهای ریخت شناختی و مولکولی مورد مطالعه قرار گرفتند. به این منظور کلون های مورد مطالعه در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی در سه تکرار در خزانه ی سلکسیون یاسوج کشت شدند و صفات ریخت شناختی برگ دورگدر نهال های یکساله به همراه چندشکلی حاصل از نشانگرهای مولکولی issr و its مورد مطالعه قرار گرفت. اندازه گیری 35 صفت ریخت شناختی کمی برگ شامل صفات مرتبط با پهنک، دندانه، لوب، رگبرگ، دمبرگ، قاعده و نوک برگ در اواخر فصل رویش انجام شد و امکان تفکیک در سطح گونه و کلون با استفاده از تجزیه واریانس، آنالیز تابع تشخیص و تجزیه ی خوشه ای مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از آنالیز واریانس نشان داد که اثر ساده ی آرایه ی گیاهشناسی گونه بر تمام صفات ریخت شناختی برگ در گونه های مختلف جنس صنوبر مورد بررسی معنی دار بود. نتایج آنالیز تابع تشخیص، نشان داد که صفات مرتبط با تعداد لوب و دندانه، اندازه و نسبت ابعاد پهنک، شکل قاعده ی برگ و طول و قطر دمبرگ با دقت 97 درصد در تفکیک گونه ها و دورگ های مختلف صنوبر موثر بودند. همچنین صفات وزن، نسبت ابعاد و نسبت طول به پهنای برگ بیشترین تأثیر را با دقت 65 درصد در تفکیک کلون های شالک داشتند. اما با استفاده از صفات ریخت شناختی برگ مورد مطالعه، کلون های دلتوئیدس با دقت قابل قبولی از یکدیگر متمایز نگردید (35 درصد). در نهایت با استفاده از یک رویه ی چندگانه شامل مدل های برآورد کننده ی تابع تشخیص و آنالیز خوشه ای میزان قرابت و روابط فیلوژنتیکی بین کلون ها مورد بحث و بررسی قرار گرفت. بررسی چندشکلی ژنومی گونه ها، دورگ ها و کلون های مختلف با استفاده از نشانگرهای مولکولی issr و its به دلیل عدم تکثیر قطعات در برخی از آرایه های گیاه شناسی ایجاد باندهای غیر اختصاصی در تفکیک برخی دیگر از آن ها موثر نبود.