سرما یکی از مهم ترین تنش های غیرزنده است که رشد و تولید کلزا را در بسیاری از نقاط ایران تحت تأثیر قرار می دهد. به منظور شناسایی ارقام متحمل به سرما در کلزا (در مرحله گیاهچه ای) و یافتن نشانگر مولکولی ssrمرتبط با ویژگی های تحمل به سرما، این پژوهش به صورت کرت¬های خرده شده در قالب طرح پایه کاملاً تصادفی با 4 تکرار اجرا گردید. کرت اصلی شامل درجه حرارت در 4 سطح 0، 5، ¬10 و 25(شاهد) درجه سانتی گراد و کرت فرعی 24 رقم کلزا شامل طلایه، تاسیلو، اکاپی، cr3189، cr3133، cr679، cr3250، cr677، cr3248، cr3141، cr3189، cr3152، cr3195، cr3186، h1750، h4722، h4815، h6059، h6486، h9209، h6018، h609، q6501، oct06 و swk5380 بودند. 10 روز بعد از کشت و اعمال تیمارها ویژگی های ظاهری و فیزیولوژیکی اندازه گیری شدند. طبق نتایج تجزیه واریانس، اثر سرما و رقم برای کلیه صفات معنی دار (01/0p ) بودند. برهمکنش سرما و رقم نیز برای تمامی صفات بجز کلروفیل معنی دار شد. تنوع وسیعی بین ارقام از نظر صفات مشاهده شد. همبستگی در هر دو شرایط عدم تنش و تنش حاکی از رابطه مثبت و معنی دار بین صفات فیزیولوژیکی سرعت فتوسنتز و کارایی مصرف آب لحظه ای به ترتیب با میزان (551/0= r) و (571/0= r) و صفات ظاهری وزن تر ریشه و وزن تر ساقه به ترتیب با میزان (792/0= r) و (840/0= r) بود. نتایج حاصل از تجزیه خوشه ای بر اساس صفات ظاهری، ارقام را در چهار گروه قرار داد. نتایج حاصل از گروه بندی ارقام، نشان داد که دو رقم cr3141 و cr3189 متحمل به سرما می باشند. با توجه به نتایج شدت تنش، صفت کارایی مصرف آب لحظه ای با مقدار (805/0 si=)، بیشترین تأثیر را از تنش سرما پذیرفت. در بخش مولکولی از 10 جفت آغازگر ریزماهواره ای 27-19 نوکلئوتیدی استفاده شد. بعد از استخراج dna و تکثیر قطعات با استفاده از آغازگرهای ssr، نوارهای حاصله امتیازبندی شد و تجزیه های آماری صورت پذیرفت. متوسط محتوای اطلاعات چند شکلی (pic) برای آغازگرهای مورد ارزیابی 55/0 بود و میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار برای تمامی آغازگرها به ترتیب 35/0 و 41/0 محاسبه شد. تجزیه خوشه ای بر اساس داده های مولکولی با استفاده از ضریب تشابه جاکارد و روش upgma، ارقام کلزا را در 3 گروه اصلی قرار داد که شباهت ها و تفاوت هایی با تجزیه خوشه ای بر اساس ویژگی های ظاهری داشت. بر اساس نتایج حاصل از تجزیه به مولفه های اصلی، دو مولفه اول یعنی pca1 و pca2 به ترتیب 60/52 و 65/8 (مجموعاً 26/61%) از واریانس کل را توجیه کردند. یعنی نشانگرهای ssr مورد استفاده دارای توزیع نسبتاً مناسبی در سطح ژنوم بوده اند. نتایج حاصل از رگرسیون لجستیک نیز نشان داد که به دلیل ضریب تأثیر b بالا و مثبت، این احتمال وجود دارد که در شرایط تنش و عدم تنش بین برخی آلل ها با ویژگی های ظاهری و فیزیولوژیکی پیوستگی وجود داشته باشد.