میگوی ببری سبز خلیج فارس،p. semisulcatus یکی از گونه های مهم جنس penaeus در خلیج فارس است. براساس خصوصیات ریختی، زیرگونه جدیدی از آن، با نام p.(penaeus) semisulcatus persicus معرفی شده است. برای مطالـعه تفاوت های ژنتیکی میان گونه و زیر گونه مذکور،ناحیه 16srrna/trna val به عنوان نشانگر میتوکندریایی و its-i به عنوان نشانگر ژنومیک مورد توجه قرار گرفتند. لذا 3 نمونه از گونه و 3 نمونه از زیر گونه از سواحل بوشهر جمع آوری و dna ژنومی استخراج شده از ماهیچه ی بدنی آن ها به عنوان الگو استفاده شد. ناحیه 16srrna/trna val و طول کامل its-i به ترتیب با استفاده از زوج آغازگرهای/16scrur 16scruf و its-if/its-ir تکثیر و تعیین توالی شدند. همردیفی و فاصله ژنتیکی توالی ها با استفاده از نرم افزارهای clustalw2 و mega 5.2 بررسی و محاسبه شد. نتایج حاصل از آنالیز توالی ها، نشان داد ناحیه 16srrna/trna val غنی از at و its-i غنی از gcاست و گونه و زیرگونه تشکیل دو شاخه جداگانه می دهند. بر اساس قطعه ای با طول 524-522 نوکلوتید از ناحیه 16srrna/trna val و قطعه ای با طول 12±321 از its-i فاصله ژنتیکی میان گونه و زیرگونه به ترتیب 2/11% تا 9/11% و 2/14% تا 9/30% محاسبه شد. آنالیز فیلوژنتیک نشان داد که گونه و زیرگونه مذکور در مقایسه با سایر گونه های جنس penaeus رابطه ژنتیکی نزدیک تری به هم دارند. داده های فوق وقوع دو گونه پنهان در میگوی ببری سبز رائموردتوجه قرارمی دهد.