باکتری اشریشیا کلی یکی از اعضای مهم خانواده انتروباکتریاسه و از بیماری زا های مهم در دستگاه گوارش به شمار می رود. با توجه به گسترش روزافزون مقاومت به پادزیست ها و لزوم آگاهی از الگوی مقاومت این باکتری، هدف از این پژوهش جستجوی مولکولی سه سروتیپ تولید کننده شیگا توکسین o91، o26، o157 از موارد اسهال در شهرستان های شهرکرد و بروجن و بررسی الگوی مقاومت آن ها نسبت به پادزیست های بتالاکتام بوده است. از 284 نمونه جمع آوری شده 164 نمونه اشریشیا کلی مثبت جدا گردید که 131 نمونه از شهرکرد و 33 نمونه از بروجن بوده است. پس از آزمایش های باکتری شناسی تکمیلی تعداد 9 سویه o26 و 21 سویه o91 جدا گردید ولی سویه o157 جدا نگردید. در مرحله بعد آزمون آنتی بیوگرام به روش انتشار دیسکی با استفاده از 6 پادزیست بتالاکتام پنی سیلین وی، سفکسیم، سفوتاکسیم، ایمی پنم، سفالکسین و اگزاسیلین انجام گردید و نشان داد که میزان مقاومت به این دارو ها به ترتیب 7/94، 9/77، 8/71، 1/32، 2/80 و 8/90 درصد در نمونه های شهرکرد و برای نمونه های بروجن به ترتیب 8/78، 4/42، 3/30، 2/18، 7/66 و 7/66 درصد بوده است. بین حساسیت به ایمی پنم و سرپایی بودن بیماران در نمونه های شهرستان شهرکرد رابطه معنی داز مشاهده گردید (p0.05) و مقاومت به داروی سفکسیم در بین نمونه های گروه سنی 50-25 سال هر دو شهر از دو گروه سنی دیگر بیشتر بود.