ارائه تفسیر صحیح از آیات قرآن کریم، مستلزم اعتقاد به مبانی صحیح تفسیر قرآن و کاربرد ابزار تفسیری متناسب با آن مبانی است. از این رو سیدمرتضی علم الهدی (م 456 ه.ق) و شیخ طوسی (م 460 ه.ق)، از مفسران نامی شیعه، با مدّ نظر قرار دادن این موضوع، به تبیین و تفسیر مراد آیات قرآن پرداخته اند. مبانی تفسیری که مورد توجه آنها بوده است عبارتند از: 1- جواز تفسیر به روایت که شامل روایات معصومین (ع) و روایات تفسیری صحابه و تابعان می شود. 2- جواز تفسیر به غیر روایت که شامل حجیت ظواهر آیات، حجیت عقل و استناد به اسالیب زبان عرب است. همچنین در زمینه مبانی صدوری قرآن، هردو مفسر معتقد به اعجاز قرآن و مصونیت آن از تحریف هستند. اما از جمله ابزار تفسیری که در امالی سید مرتضی و تبیان شیخ طوسی مورد استناد قرار گرفته است، روایات تفسیری صحابه و تابعان است که البته کاربرد آن نزد شیخ طوسی بیش از سید مرتضی مشهود است. هر دو مفسر، سه نوع تعامل متفاوت را با این ابزار دارند: استناد به آن برای تقویت تفسیر مختار خود، نقل آن به عنوان یکی از وجوه محتمل آیه و نقد آنها. از دیگر ابزار تفسیری که فراوان در امالی و تبیان کاربرد دارد، استناد به کلام عرب اعم از شعر، امثال، لغت و قواعد زبانی آن است. سید مرتضی به تفسیر تعداد محدودی از آیات قرآن پرداخته است اما شواهد شعری که در امالی کاربرد داشته مشهودتر از تبیان است. همچنین سید مرتضی و شیخ طوسی به اقوال مفسران و علمای متقدّم لغت و نحو ، به عنوان یکی دیگر از ابزار تفسیری، توجه خاصی داشته اند و سه گونه با آنها برخورد کرده اند: استناد به آن اقوال برای تقویت و اثبات تفسیر مختار، نقل قول آنها به عنوان یکی از وجوه محتمل آیه و نقد آن اقوال. کاربرد این ابزار تفسیری نیز در تفسیر شیخ طوسی بیش از سید مرتضی است. یکی از رویکردهای مهم و بنیادین سید مرتضی و شیخ طوسی، در امالی و تبیان، پاسخ به شبهات ملحدان و نیز مخالفان ازجمله معتزله، مجبّره و مشبّهه ودفاع از عقاید شیعه در اصول و فروع است. با مقایسه تطبیقی امالی و تبیان درمی یابیم که شیخ طوسی در مبانی و ابزار تفسیری، کاملاً متأثر از آرای سید مرتضی است و فقط در بحث اعجاز قرآن، با نظریه وی در اعتقاد به صرفه، مخالف است. همچنین آراء و روش سید مرتضی در دفع و پاسخ به شبهات کلامی، تأثیر بسزایی بر شیخ طوسی داشته است به طوری که گاهی عبارات شیخ طوسی در تفسیر آیات و دفع شبهات، عیناً تکرار لفظ به لفظ عبارات سید مرتضی است.