هدف: هدف این پژوهش ارائه روشی جهت ارزیابی عملکرد واحدهای کسب و کار به صورت افقی (درونی) و عمودی (میان واحدها) می باشد به گونه ای که امکان مقایسه عملکرد میان واحدهای ناهمگن یا به عبارت دیگر واحدهایی با ورودی ها و خروجی ‏های متفاوت فراهم شود. برای تأیید صحت روش ارائه شده، به ارزیابی عملکرد حوزه‏های مختلف یک دانشگاه پرداخته شده است. روش‏شناسی: ابتدا با مطالعه ی پژوهش‏های صورت گرفته در مورد ارزیابی عملکرد دانشگاه، شاخص‏های مناسب شناسایی و سپس این شاخص‏ها توسط کارمندان حوزه‏های مختلف دانشگاه پالایش و وزن دهی شده است. سپس داده‏های مربوط به شاخص‏های پالایش شده جمع¬آوری گشته و با استفاده از مدل¬های اولیه و ثانویه¬ی تحلیل پوششی داده‏ها به تفکیک واحدهای ناکارا و کارا پرداخته شده است. در انتها مقادیر هدف جهت بهبود واحدهای ناکارا تعیین گردیده است. یافته‏ها: در مقایسه عملکرد میان حوزه‏های دانشگاهی، حوزه‏ی پژوهشی بهترین عملکرد و حوزه‏ی عمرانی ضعیف¬ترین عملکرد را در مقایسه با حوزه‏های دیگر داشته است. همچنین دانشگاه مورد بررسی تنها در یک سال کارا بوده است و بیشترین فراوانی عملکرد آن در سال‏های مورد بررسی مربوط به کارایی60% تا 70% می باشد. نتیجه‏گیری: هرچند که روش ارائه شده توسط این پژوهش در یک دانشگاه مورد استفاده قرار گرفته است اما از آن می توان جهت ارزیابی عملکرد واحدهای درونی هر نوع سازمانی استفاده کرد. همچنین این روش قابل استفاده در ارزیابی عملکرد میان چندین سازمان با محصولات و خدمات متنوع نیز می باشد.