در بعضی موارد پاسخ های ایمنی القا شده توسط نواحی اپی توپی یک آنتی ژن نسبت به کل آن آنتی ژن قوی تر عمل می کند زیرا از اتلاف انرژی سیستم ایمنی روی نواحی غیرضروری جلوگیری کرده و عمدتا بر روی نواحی آنتی ژنیک آنتی ژن متمرکز می شود. از این رو تهیه بخشی از پروتئین و یا اپی توپ آنتی ژن که بیشترین تحریک کنندگی را در میزبان ایجاد می نماید، می تواند در کنار چندین اپی توپ دیگر از آنتی ژن های مختلف بشکل یک پپتید ترکیبی (fusion protein) با کارآئی بالا برای ایجاد ایمنی سریع و چندگانه در میزبان به کار گرفته شود. کلستریدیوم پرفرنژنس عامل بیماری های مهلکی از جمله انتریت نکروتیک، انتروتوکسمی، قانقاریا و... در انسان و دام است، از این رو مطالعه ی آنتی ژن های آن از اهمیت زیادی برخوردار است. هدف از این پروژه نیز تهیه ی فیوژن پروتئینی متشکل از نواحی با آنتی ژنیسیته ی بالا از توکسین بتا و اپسیلون کلستریدیوم پرفرنژنس و بررسی خواص آنتی ژنیک آن می باشد. برای این منظور ابتدا قطعات اپی توپی دو توکسین تکثیر یافته و پس از برش با آنزیم های مناسب، توسط لینکری که طراحی شد به یکدیگر متصل شدند. فیوژن ژن حاصل در وکتور ptz57r و pet21a(+) کلون گردید. وکتور pet21a(+) حاوی قطعه ی فیوژن، به سلول بیانی e.coli bl21(de3) منتقل و پروتئین نوترکیب بیان گردید. بیان پپتید نوترکیب و ویژگی های آنتی ژنیک آن با استفاده از روش های elisa و وسترن بلات مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج این بررسی نشان داد که فیوژن پروتئین نوترکیب قادر است به خوبی با آنتی بادی های ضد توکسین بتا و اپسیلون واکنش دهد. فیوژن پروتئین توسط کروماتوگرافی فیلتراسیون ژل بصورت نیمه خالص تهیه و جهت تولید آنتی بادی پلی کلونال علیه آن، به موش تزریق شد. نتایج نشان داد که آنتی بادی نوترکیب ضد فیوژن پروتئین قادر است واکنش مناسبی با توکسین های بتا و اپسیلون برقرار نموده و نسبت به آنتی بادی طبیعی از حساسیت بالاتری برخوردار می باشد. بنابراین آنتی بادی نوترکیب ضد فیوژن پروتئین می تواند جایگزین مناسبی برای آنتی بادی طبیعی ضد دو توکسین باشد و در طراحی کیت های تشخیصی برای تشخیص کلینیکی توکسین بتا و اپسیلون به کار گرفته شود. همچنین در صورت بهینه نمودن تولید و واکنش های نهائی بعنوان کاندید واکسن نیز پیشنهاد گردد.