یکی از شیوه های تقابل با اندیشه های دینی، شبهه افکنی است و لذا شناخت شبهات دینی، پیشگیری از گسترش و نیز پاسخگویی به این شبهات از اهمیت برخوردار می باشد. پس از رحلت پیامبر، به عللی از جمله انحراف حکومت از مسیر اصلی، زمینه تفرقه و پیدایش بدعت ها و شبهه افکنی ها فراهم گردید. در این راستا یکی از اولویت های امام علی، تبیین معارف و پاسخگویی به شبهات بوده و طبیعی می نمود که امام به حکم وظیفه به تمامی شبهات زمان خویش پاسخ دهد. از دیگر سو پاسخگویی به شبهات، از نیازهای جامعه امروز نیز می باشد که بر طبق مفاد حدیث ثقلین، رجوع به قرآن و معارف اهل بیت و از جمله معارف علوی را طلب می کند. این تحقیق برآن است تا ضمن ارائه تعریفی از شبهه، خاستگاه آن و شیوه امام علی در پاسخگویی به شبهات، تعدادی از شبهات اعتقادی و سیاسی- اجتماعی عصر امیرالمومنین را مطرح ساخته و پاسخ این شبهات را به مدد سخنان حضرت استخراج نماید و در ادامه به ویژگی ها و امتیازات معارف علوی در عرصه پاسخگویی به شبهات پرداخته و کارآمدی این معارف برای پاسخ گویی به شبهات عصر کنونی را مورد بحث قرار دهد.