تحولات صورت گرفته در محیط پیرامونی، تهدیدات جدید و همچنین ظرفیت های طبیعی موجود در مناطق پدافندی ج. ا. ا. در بستر فعالیت های انسانی، بایستی پایه و اساس غالب برنامه ریزی های محیطی و آمایش مناطق را تشکیل دهد. مناطق پدافندی پس از جدایی قرارگاه پدافند هوایی خاتم الانبیاء(ص) از نیروی هوایی در نه منطقه طراحی و شکل گرفت. عدم لحاظ کلیه اصول و چهارچوب های منسجم، با در نظر گرفتن شاخص های درون سازمانی، برون سازمانی و تهدیدات تأثیرگذار ، باعث ناپایداری در الگوی تقسیمات صورت پذیرفته در این خصوص گردیده است. این پژوهش با ارائه فرضیه مبنی بر اینکه به نظر می رسد مرزبندی های انجام شده در مناطق پدافندی نیاز به تجدید نظر دارد به بررسی و تحلیل شاخص های مد نظر قرارگاه پدافند خاتم الانبیاء(ص) می پردازد. با رویکرد فلسفی تحقیق مبتنی به جغرافیای کارکردی و پوزیتیوسمی(اثبات گرایی)، به بررسی و کنکاش پیرامون متغیرهای درگیر در این حوزه پرداخته وبا گردآوری اطلاعات به روش کتابخانه ای ، بهره گیری از روش توصیفی – تحلیلی، تجزیه و تحلیل مطالب مدل مناسبی در این خصوص ارائه شد. مدل طراحی شده را در بستر جغرافیای طبیعی و انسانی ایران و مناطق نه گانه به بوته آزمایش گذاشته و کمیت ها و کیفیت های هر شاخص در مدل پیش گفته را توسط نرم افزار gis احصاء و در جدول سلسله مراتبی برابر روش جغرافیای کارکردی تنظیم گردید. تفاوت های محسوس و تأثیرگذار شاخص های توپوگرافی ، تقسیمات کشوری، نقاط حساس، اقلیم، وسعت جغرافیایی و زیرساخت های پشتیبانی به عنوان متغیرهای درون سازمانی ، آسیب پذیری مرکز فرماندهی و امکانات و تسهیلات پدافندی به عنوان متغیر های درون سازمانی و تهدیدات فرضیه پیش گفته را به اثبات رساند و نیاز به تجدید نظر و بازنگری در مرزبندی مناطق پدافندی را ضروری دانست.همچنین یافته های پژوهش نشان می دهد که در پیاده سازی الگوی جدید در منطقه جنوب تغییر محل مرکز فرماندهی کمترین هزینه و بالاترین کارایی را در منطقه فراهم می آورد.