بررسی گوناگونی در اکوتیپ های مختلف عناب در ایران، راه را برای دستیابی به توده هایی با ویژگی های باغبانی بهینه و مواد موثره مناسب هموار می نماید. با توجه به اهمیت دارویی عناب ضروری است تا شناخت مناسبی از وضعیت توده-های محلی صورت گیرد. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی موجود در اکوتیپ های مختلف عناب، تعداد 30 نمونه از اکوتیپ های عناب از نقاط مختلف ایران با استفاده از نشانگر های مولکولی (issr) بررسی شد و همچنین برخی ویژگی های ضد اکسایشی شامل محتوای فنل، فلاونوئید، محتوای آنتوسیانین و قدرت بازدارندگی رادیکال های آزاد با استفاده از روش های مبتنی بر اسپکتروفتومتری مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد بین اکوتیپ ها از لحاظ ویژگی های ضداکسایشی، تنوع و اختلاف معنی دار وجود داشت. اکوتیپ حمیدآباد از ساری دارای بیشترین میزان فنل و اکوتیپ های کم چنار (قم)، قاضی علیا (قم) و کوهپایه1 (اصفهان) کمترین میزان فنل را داشتند. بیشترین ظرفیت بازدارندگی رادیکال های آزاد مربوط به اکوتیپ های اردستان (اصفهان)، قاضی علیا (قم)، مارون (قم) و کمترین میزان آن هم مربوط به اکوتیپ همدان بود. اکوتیپ بیاضیه (اصفهان) بیش ترین و حمید آباد ساری و دهنه لاریم (مازندران) کمترین محتوای فلاونوئید را داشتند. همچنین اکوتیپ کوهپایه2 از اصفهان و دهنه لاریم (مازندران) نیز به ترتیب بیشترین و کمترین میزان آنتوسیانین را دارا بودند. طبق نتایج به دست آمده، همبستگی معنی داری بین محتوای فنل کل و ظرفیت بازدارندگی رادیکال های آزاد در اکوتیپ ها مشاهده نشد. در بررسی مولکولی با 11 آغازگر issr از 58 باند ایجاد شده،42 باند (6/72 درصد کل باندها) چند شکل بودند. نتایج ارزیابی تشابه ژنتیکی با استفاده از ماتریس تشابه جاکارد و روش تجزیه خوشه ای upgma از داده های مولکولی، اکوتیپ های عناب را در 4 گروه کاملا مجزای ژنتیکی، شامل اصفهان، قم، خراسان و مازندران قرار داد. بررسی دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه ای وجود تنوع زیاد در بین نمونه ها را نشان داد. بیشترین فاصله ژنتیکی بین آلقو (بیرجند) و لاریم (مازندران) با 55/0 شباهت بود و کمترین فاصله ژنتیکی بین کاسوا (قم) و کلاغ نشین (قم) با 93/0 تشابه بود. تجزیه به مختصات اصلی (pcoa) نیز این یافته ها را مورد تایید قرار داد و اکوتیپ ها کاملا از هم تفکیک شدند. از بین آغازگر های استفاده شده، آغازگر is15با شاخص نشانگری ((mi 35/2 و قدرت تفکیک (rp )10 مناسب ترین آغازگر برای مطالعات بعدی تشخیص داده شد. از نتایج این پژوهش می توان در برنامه های به نژادی عناب در آینده به ویژه روش های مبتنی بر تلاقی سود برد.