آگاهی از تنوع ژنتیکی و مدیریت ذخایر ژنتیکی از اصول مهم پروژه های به نژادی می باشند. در این تحقیق تنوع ژنتیکی با استفاده از نشانگرهای مولکولی مبتنی بر رتروترنسپوزون ها بررسی گردید. رتروترانسپوزون ها (rtns) ، عناصر ژنتیکی متحرک در گیاهان بوده که بخش عمده ای از ژنوم (اغلب بیش از نیمی از کل dna) گیاهان را تشکیل می دهند. رتروترانسپوزون ها به لحاظ توزیع فراوانی، تعداد کپی بالا، پراکندگی در سراسر ژنوم بعنوان یک گزینه بسیار عالی برای مطالعات ژنتیکی و بررسی تنوع ژنتیکی مدنظر قرار گرفته است. در این تحقیق از سه نشانگر مولکولی irap و remap و issr به منظور بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ های جنس brassica استفاده شد که اطلاعات بدست آمده نشان می-دهد که نشانگر remap دارای میانگین شاخص نشانگر (mi) بالاتری است در حالی که نشانگر issr دارای میانگین محتوی اطلاعات چندشکل (pic)، میانگین شاخص شانون (i)، میانگین تنوع ژنتیکی نی (h) و میانگین درصد باند چند شکل بالاتری می باشد. در مقایسه بررسی تجزیه خوشه ای، نشانگر remap نسبت به نشانگر irap و issr تفکیک بهتری از ژنوتیپ های گونه های مختلف را نشان داد. تجزیه و تحلیل کلی از داده های نشانگرهای irapوremap، اطلاعات بسیار مناسب تری ارائه نمود به طوری که دندروگرام ترسیم شده با استفاده از الگوریتم upgma نمایش بسیار واضحی از گونه ها را ارائه داده بطوری که گونه های nigra, rapa, juncea و napus را بخوبی در گروه های جداگانه از هم تفکیک نمود. از سوی دیگر تجزیه به مختصات اصلی بخوبی ژنوتیپ ها را به دو گروه اصلی تفکیک نمود بطوری که 22 گونه napus در یک گروه قرار گرفتند در حالیکه سایر گونه ها در گروه مجزایی تفکیک شدند. دندروگرام ترسیم شده بر اساس الگوریتم rb هم نتایجی کاملا مطابق با دندروگرام بای پلات ارائه داد و صحت دندروگرام ترسیم شده را مشخص نمود. نتایج این پژوهش نشان دهنده این است که این نشانگرها میتواند برای شناسایی تفاوتهای بین گونه ای و همچنین داخل گونه ای در مطالعات فیلوژنتیکی استفاده شود و به منظور بررسی دقیقتر روابط و ساختار ژنتیکی ژنوتیپ های کلزا همزمان با بکارگیری صفات مورفولوژیکی استفاده شود. باتوجه به توزیع و پوشش ژنومی مناسب نشانگرهای مبتنی بر رتروترانسپوزون-ها، سادگی، چندشکلی و تکرارپذیری بالایی آنها، پیشنهاد می شود از این نشانگرها در برنامه های اصلاحی مانند مطالعه ی تنوع ژنتیکی، تهیه نقشه های ژنتیکی و اشباع آنها و مکان یابی ژن ها و صفات کمی بویژه مکان یابی دقیق آنها ( باتوجه به وفور آنها در نواحی یوکروماتینی و نزدیک ژن ها) در کلزا و دیگر محصولات زراعی استفاده شود.