با استفاده از فناوری های مولکولی بسیاری از ژن های کنترل کننده گلدهی در گیاهان شناسایی شده اند. بیشتر این ژن-ها متعلق به خانواده بزرگ عوامل رونویسی mads-box هستند. گیاه زعفران یک گیاه تجاری و ارزشمند است که به منظور استفاده از گل و بویژه کلاله آن کشت می شود. درک چگونگی تشکیل گل در گیاه زعفران به افزایش عملکرد و کاهش هزینه های تولید آن کمک بسزایی می کند. بدین منظور در این تحقیق بیان ژن هایی از خانواده mads-box که در تشکیل گل بویژه کلاله نقش دارند مورد بررسی قرار گرفت و میزان بیان آن ها با یکدیگر در کلاله و سایر اندام های گل و نیز اندام های رویشی مقایسه گردید. همچنین همسانه سازی دو ژن دخیل در تولید گل در زعفران انجام شد. ژن های ag1a و ag1b متعلق به کلاس c خانوادهmads-box در سه اندام جنسی تخمدان، کلاله و پرچم بیان شدند. بیان ژن های sep3a، sep3b، sep3c و sep3d از کلاس e این خانواده ژنی در چهار اندام گلبرگ، پرچم، کلاله و تخمدان تعیین گردید. ژن های ag1a و ag1b در حامل ptg19 در باکتری e.coli سویه dh?5 همسانه شدند. ژن های همسانه سازی شده توالی یابی شدند و در سایت ncbi ثبت شدند. با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیکی ابتدا توالی پروتئینی ژن های مورد نظر به دست آمد و سپس ویژگی وزن مولکولی، نقطه ایزوالکتریک و تعداد اسید آمینه پروتئین ها تعیین شد. در نهایت ساختار دوم و سوم پروتئین های ag1a و ag1b با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیکی ترسیم شدند.