معاد یکی از آموزه های مهم اعتقادی مسلمانان است که فلاسفه ی بسیاری از جمله ابن سینا سعی در اثبات عقلانی آن کرده اند. ملاصدرا نظام فلسفی حکمت متعالیه را مبتنی بر سه اصل اساسی شهود عقلی ، برهان عقلی و وحی پایه گذاری نمود و با درآمیختن معرفت برگرفته از این منابع ، اصول یازده گانه را جهت اثبات عقلانی معاد جسمانی ارائه کرد. محمد رضا حکیمی در کتاب «معاد جسمانی در حکمت متعالیه» بر روش مکتب تفکیک مبتنی بر جدایی روش های کسب معرفت (شهود، عقل و وحی) تاکید می کند و می کوشد تا ضمن اثبات ناتوانی عقل در درک معاد جسمانی ، اصول یازده گانه ملاصدرا را نقد کند و نتیجه ی آن اصول را معاد روحانی دانسته، سپس معاد ملاصدرا را با صریح اخبار معتبره مباین می داند و با بیان اقوال بزرگانی چون امام خمینی ، شهید مطهری ، شیخ محمد تقی آملی و...؛ این امر را ملاک تکفیر ملاصدرا معرفی می کند. ایشان در این کتاب ادعا می کند که ملاصدرا پس از ناکامی در اثبات عقلانی معاد جسمانی از اصول خود کناره گرفته، با رویکردی تفکیکی مبنی بر پذیرفتن جدایی عقل و وحی، به معاد وحیانی روی آورده است؛ در حالی که چنین دیدگاهی نسبت به ملاصدرا نادرست است. از اینرو به کتاب آقای حکیمی انتقادات محتوایی، روشی و اخلاقی وارد است. انتقادات مطرح شده در این اثر شامل اکتفا به کلی گویی در موضع اقامه دلیل قطعی، تقطیع وفهم نادرست از عبارات، در ضمن عدم توجه بر شیوه و سبک نگارش ملاصدرا است. در نقد روش شناسانه به بیان شیوه ی نگارشی آقای حکیمی در بستن راه نقد و استفاده از مغالطات پرداخته شد. از جمله خطاهای اخلاقی مطرح شده، عدم اشاره به مبانی فکری ملاصدرا و به تأویل بردن نقل قول ها است. وجود این انتقادات نشان دهنده ی نادرستی دیدگاه آقای حکیمی نسبت به ملاصدرا ومعاد جسمانی ایشان است.