انتخاب ژنتیکی در جهت بهبود مقاومت به بیماری ها یکی از راهکارهای موثر برای افزایش بهره دهی حیوانات می باشد. بدین منظور، در تحقیق حاضر ساختار ژنتیکی جمعیتی از بلدرچین های ژاپنی، موجود در ایستگاه تحقیقاتی دانشکده علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، از دیدگاه ژنتیک کمی و مولکولی مورد بررسی قرار گرفت. در بخش اول، پارامترهای ژنتیکی مربوط به وزن بدن و اندام های داخلی، برای 1111 بلدرچین و صفات مربوط به سیستم ایمنی علیه تزریق محلول گلبول قرمز خون گوسفندی برای 638 بلدرچین، با استفاده از نرم افزار asreml ، برآورد شد. وراثت پذیری صفات با مدل حیوانی تک صفتی و همبستگی های ژنتیکی و فنوتیپی با استفاده از مدل حیوانی دوصفتی برآورد گردید. وراثت پذیری وزن بدن، کبد، طحال، بورس، ریه به ترتیب 34/0 ،21/0 ، 14/0، 25/0 و 15/0 برآوردگردید. هم چنین وراثت پذیری، صفات مربوط به سیستم ایمنی شامل تیترآنتی بادی کل، igg ، igm ، نسبت هتروفیل به لیمفوسیت، منوسیت، بازوفیل و ائوزینوفیل به ترتیب 16 /0، 05/0، 12/0، 14/0، 14/0، 07/0 و 09/0 برآورد گردید. در این تحقیق همبستگی ژنتیکی وزن بدن با وزن اندام های داخلی (سنگدان، کبد، ریه، طحال، دستگاه گوارش و طول روده وطول سکوم) مثبت و بالا (74/0-14/0) برآورد شد. هم چنین همبستگی ژنتیکی وزن کبد با وزن بورس و ریه مثبت و به ترتیب 47/0و 70/0 بدست آمد. همبستگی ژنتیکی بین وزن بدن با تیترآنتی بادی کل، igg ، igm و نسبت هتروفیل به لیمفوسیت، منفی و در محدوده 17/0- تا43/0- بدست آمد. همبستگی ژنتیکی بالایی بین تیترآنتی بادی کل با ائوزینوفیل ها بدست آمد. بنابراین انتخاب در جهت افزایش تیترآنتی بادی، همراه با عملکرد مناسب در ایمنی سلولی خواهد بود. در بخش دوم این تحقیق، چند شکلی ژن tlr4 به روش pcr-rflp و ارتباط آن با صفات مورد مطالعه، بررسی قرار گرفت. بدین منظور از 100 پرنده خونگیری انجام گرفت، و پس از pcr محصولات و هضم آنزیمی ، بر روی ژل پلی اکریل آمید جهشی در طول قطعات مشاهده نشد و در نتیجه این ژن، تاثیری بر عملکرد سیستم ایمنی در جمعیت بلدرچین مورد مطالعه نداشته است.