تحقیق حاضر با درک اهمیت دو مقوله مهم و بنیادی در صنعت بانکداری یعنی کارایی و ریسک، درصدد بررسی کارآمدی دو مدل مشهور: پارامتریک (sfa) با مبنای اقتصادی و ناپارامتریک (mea) با مبنای بهینه سازی ریاضی بمنظور ارزیابی کارایی و رتبه بندی بانک ها و انتخاب مدل بهینه و سپس شناسایی تاثیر ریسک های اعتباری، عملیاتی، بازار و نقدینگی بر کارایی سیستم بانکی می باشد. در این راستا 15 بانک به عنوان جامعه آماری تحقیق طی6 سال اخیر89-1384 مورد مطالعه قرار گرفت. با استفاده از میانگین کارایی حاصل شده توسط دو روش فوق با نرم افزارهای deap و frontier بانک ها رتبه بندی شدند و سپس جهت بررسی وجود یا عدم وجود ارتباط معنی دار بین رتبه بندی ارائه شده توسط دو روش، از ضریب همبستگی پیرسون استفاده شد. که نتایج حاکی از تفاوت دو روش در ارزیابی کارایی و رتبه بندی بانک ها و برتری نسبی روش sfa(پارامتریک) نسبت به mea(ناپارامتریک) می باشد. در نهایت برای بررسی تاثیر ریسک بر کارایی، برای چهار ریسک مورد مطالعه بر اساس شاخص های انتخابی، چهار مدل به روش اقتصادسنجی پاتل دیتا توسط نرم افزار eviews برآورد گردید که نتایج نشان داد که هر یک از ریسک های مورد مطالعه با شاخص مربوطه دارای تاثیر معنی داری با ضریب خاص خود بر کارایی می باشد.