رتروترنسپوزون ها فراوانترین و رایج ترین عناصر جابجا شونده در ژنوم یوکاریوت ها هستند. به علت گستردگی، پوشش ژنومی و چند شکلی درجی بالای این عناصر در ژنوم گیاهان استفاده از آن ها به عنوان نشانگرهای مولکولی بسیار مناسب است. به منظور بررسی فعالیت خانواده های رتروترنسپوزونیtvv1، edel، vine1، gentilو huben، نسخه مرجع هر عنصر از بانک های اطلاعاتی ذخیره و با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که رتروترنسپوزون tvv1 قدیمی ترین عنصردر بین خانواده های مورد مطالعه می باشد. سپس آغازگرهای مناسب براساس نواحی ltr این عناصر طراحی و در قالب نشانگرهای irap و remap جهت مطالعه تنوع ژنتیکی 67 رقم انگور (vitis vinifera l.) مورد استفاده قرار گرفت. از بین خانواده های رتروترنسپوزونی مورد استفاده در ژنوم انگور، آغازگرtvv1 هم به صورت منفرد و هم ترکیبی الگوی باندی چند شکل و قابل امتیازدهی تولید نمود. در کل 103 مکان با استفاده از 2 آغازگر منفرد irap و 13ترکیب آغازگری remap تولید شدکه از این تعداد، 83 مکان (58/80 درصد) چند شکل بودند. میزان هتروزیگوسیتی (he) برای آغازگرها از صفر (آغازگرgentil-a7) تا 38/0 (آغازگر tvv1-808) متغیر بود. میانگین هتروزیگوسیتی کل ارقام 27/0 بود. دامنه ضرایب تشابه ژنتیکی بین ارقام از57/0 (رقم h6 با دسترچین) تا 1 (رقم رشه اصل با سیاه معمولی) متغیر و میانگین آن 78/0 بود. تجزیه خوشه ای بر اساس ضریب تشابهdice و الگوریتم upgma ارقام مورد مطالعه را در 6 گروه اصلی قرار داد، و ارقام زراعی و نمونه های وحشی را از هم متمایز نمود هر چند که در گروه انگورهای زراعی چند ژنوتیپ انگور وحشی نیز قرار گرفت. نتایج این تحقیق نشان داد که نشانگرهای مبتنی بر خانواده-های رتروترنسپوزونی مورد استفاده به ویژه tvv1 می توانند به عنوان نشانگر مولکولی برای مطالعات نقشه یابی و تنوع ژنتیکی در برنامه های اصلاحی انگور مورد استفاده قرار گیرند