طراحی یا اکتشاف، سنتز یا جداسازی، و در نهایت آزمایش در موجودات زنده سه مرحله اساسی تولید داروهای جدید را تشکیل میدهد. عموما انجام دو مرحله اول را شیمیدانان و مرحله سوم را بیوشیمیدانان و پزشکان بر عهده میگیرند. به منظور ورود به دو حیطه اول در پروژه اول سعی شد از طریق طراحی و سنتز کاتالیست جدید و کارآمد مایع یونی 1-بوتیل 3-متیل ایمیدازولیوم زیرکونیل کلرید گامی در جهت بهبودی سنتز یکی از خانوادههای مهم ترکیبات دارویی به نام 3,4-دی هیدروپیریمیدین-2-(h1)-اُن ها در شرایط سبز برداشته شود. سپس در پروژه دوم از مشتقات این ترکیبات که یکی از آنها موناسترول، یک بازدارنده پروتئین موتور کینزین eg5 و از کاندیدهای دارو برای انواعی از سرطان است در مطالعات داکینگ مولکولی روی این پروتئین استفاده شد. در نهایت با استفاده از نتایج این مطالعات چند لیگاند جدید برای این پروتئین طراحی شد که قدرت بازدارندگی بیشتری نسبت به موناسترول داشتند. در پروژه سوم با هدف انجام اکتشاف دارو از میان ترکیبات طبیعی، منبع ارزشمندی از این ترکیبات که خواص دارویی متعددی از آنها مشاهده شده است به نام بره موم که از کندوی زنبور عسل به دست می آید انتخاب شد. با انجام مطالعات داکینگ مولکولی ترکیبات موجود در بره موم روی پروتئین گیرنده سلولی tlr7 که از اجزای سیستم ایمنی داخلی است و لیگاندهای آن از داروهای ضد انواعی از سرطان پوست به شمار می روند ترکیب پینوبانکسین 3-(e)-کافئات به عنوان یک کاندید دارو برای درمان سرطان پوست اکتشاف و پیشنهاد شد. در پروژه چهارم، به مطالعات داکینگ مولکولی در مسیر سیگنال رسانی هجهاگ که یکی از مهمترین مکانیسمهای شناخته شده برای چندین نوع سرطان است پرداخته شد. به این منظور، تمایل اتصال بیش از هفتصد آنتاگونیست پیشنهاد شده برای پروتئین smo که از اجزای کلیدی مسیر هجهاگ به شمار می رود محاسبه و پانزده عدد از بهترین آنتاگونیستها برگزیده شدند. سپس با هدف به چالش کشیدن روشهای متداول داکینگ مولکولی، این لیگاندها با روش محاسباتی دقیقتر qm/mm با پروتئین مذکور برهمکنش داده شدند. نتایج تا حدودی متفاوت و در مورد برخی از لیگاندها کمتر و در مورد برخی بیشتر ازانرژی اتصال به دست آمده با روشهای داکینگ مولکولی بود.