سیانوباکتری ها موجوداتی فتوسنتز کننده و دارای مقاومت بسیار بالا نسبت به شرایط سخت محیطی هستند. در گذشته های بسیار دور، آنها با ایجاد جو اکسیژنی امکان حیات را بر روی کره زمین فراهم کردند. سیانوباکتری ها امروز هم با دارا بودن کاربرد های بسیار و متنوع صنعتی، کشاورزی، تغذیه ای و دارویی در خدمت بشر هستند. در این تحقیق فلور سیانوباکتریایی برخی از اکوسیستم های آبی و خاکی شمال استان کرمان شناسایی شد. نمونه ها پس از جمع آوری در محیط کشت اختصاصی کشت شدند و از کلنی های رشد کرده، کشت خالص تهیه شد. چهار گونه از گونه های خالص شده برای امکان استفاده به عنوان کود زیستی در خاک های شور و جذب کننده زیستی فلزات سنگین در پساب صنعتی بررسی شدند. همچنین ارتباط بین پراکنش سیانوباکتری ها و عوامل محیطی فیزیکی و شیمیایی در دو چشمه آب گرم در منطقه سیرچ بررسی شد و سپس حضور بالقوه گونه های تولید کننده سیانوتوکسین ها در رودخانه شصت فیچ و آبگرم سیرچ سنجیده شد. مجموعا 41 گونه سیانوباکتری شناسایی شد که همه آنها برای اولین بار از فلور سیانوباکتریایی استان کرمان گزارش شدند. همچنین هشت گونه نیز برای اولین بار از ایران گزارش می شوند. گونه ای جدید با نوع جدیدی از تولید مثل در رودخانه شصت فیچ مشاهده گردید. نتایج بررسی های فیزیولوژیکی نشان داد که دو گونه سیانوباکتری تثبیت کننده ازت anabaena wisconsinense و nostoc sp. حداکثر تا ppm 10000 شوری کلرید سدیم تحمل دارند و می توان آنها را در خاک هایی با این میزان شوری به عنوان کود بیولوژیک به کار برد. همچنین میزان تحمل دو گونه n. lincka و n. microscopicum به پساب صنعتی کارخانه مس سرچشمه که حاوی فلزات سنگین و مس است تا ppm 5000 می باشد. نتیجه آنالیز cca نشان داد که الگوهای پراکنش گونه ها در چشمه های آبگرم با تغییرات عوامل محیطی به طرز معنی داری توجیه می شوند. سمیت گونه جدید یافت شده در رودخانه شصت فیچ با روش برپایه pcr بررسی شد. همچنین دو گونه nostoc linckia و microcystis aeruginosa از رودخانه شصت فیچ و گونه nodularia spumigena از آبگرم سیرچ به طور بالقوه گونه های تولید کننده سیانوتوکسین ها معرفی می شوند و به بررسی دقیق و در این زمینه برای اندازه گیری میزان این سموم در آب مورد نیاز است.