اصطلاح اندوفیت برای تمامی موجودات زنده ای اطلاق شده است که در تمام یا دوره ای از چرخه ی زندگی خود در داخل بافت های گیاهی زندگی نموده، بدون اینکه همزمان نشانه های بیماری را بروز دهند. قارچ های اندوفیت از نظر اکولوژیکی و جایگاه تاکسونومیکی گروه بسیار متنوعی از قارچ ها را شامل می شوند و از انواع مختلفی از گیاهان در اکوسیستم های گوناگون جداسازی شده اند. این قارچ ها می توانند اثراتی از سودمندی تا بیمارگری برای گیاه داشته باشند. قارچ های اندوفیت بخش مهمی از تنوع زیستی قارچ ها را تشکیل می دهند. به منظور شناسایی قارچ های اندوفیت درختان میوه هسته دار در استان آذربایجان غربی، نمونه برداری در تابستان و پاییز سال های 1390 و 1391 از برگ ها و شاخه های سالم درختان زردآلو، هلو و شلیل در مناطق مختلف انجام شد. در مجموع تعداد 100 نمونه گیاهی جمع آوری گردید. نمونه ها پس از ضدعفونی سطحی و برش آن ها به قطعات کوچک تر، روی محیط کشت pda کشت داده شدند. در کل 556 جدایه ی قارچی جداسازی شد و در بررسی های ریخت شناختی مقدماتی، جدایه ها در سطح جنس شناسایی و گروه بندی شدند. از بین این جدایه ها، تعداد 130 جدایه به طور کامل مورد بررسی ریخت شناختی قرار گرفتند و تعداد 22 گونه ی متعلق به 13 جنس مختلف شناسایی گردیدند. گونه های شناسایی شده شامل alternaria alternata، a. arborescens، a. destruens، a. infectoria، a. japonica، a. tenuissima، a. vaccinii، aspergillus niger، as. persii، beauveria bassiana، cladosporium cladosporioides،epicoccum nigrum ، fusarium solani، penicillium sp.، phoma glomerata، sordaria fimicola، stemphylium majusculum، trichoderma harzianum، t. longibrachiatum، trichothecium roseum،ulocladium atrum و u. consortiale بودند. %7/62 جدایه ها از بخش های مختلف برگ و %3/37 از شاخه ها جداسازی شدند. همچنین %09/59 جدایه ها از درختان زردآلو، %45/31 از درختان هلو و %46/9 از درختان شلیل جداسازی گردیدند. %51 درصد جدایه های قارچی متعلق به شهرستان ارومیه، %2/38 متعلق به شهرستان میاندوآب و %8/10 متعلق به شهرستان سلماس بودند. در مورد جدایه هایی که مطالعات مورفولوژیکی در تشخیص گونه ها ناتوان بود، ناحیه its1-5.8s-its2 از dna ریبوزومی تکثیر و توالی یابی گردید و توالی های حاصله با توالی های موجود در بانک ژن مورد مقایسه بلاست (blast) قرار گرفتند. جدایه ها تشابه و همپوشانی بالایی (بیش از 98%) با داده های موجود در بانک ژن نشان دادند. برای 5 جدایه توالی مشابه مناسبی در بانک ژن یافت نشد و این جدایه ها نیازمند مطالعات مولکولی بیشتر هستند. سایر جدایه ها نیز با توجه به میزان تشابه آن ها با توالی های بانک ژن ncbi (بیش از 98%) و داده های حاصل از شجره فیلوژنتیکی متعلق به جنس های leptosphaeria، phoma و roselinia هستند اما تعیین دقیق گونه نیازمند مطالعات بیشتر و تکثیر و توالی یابی سایر ژن ها می باشد. در بین نمونه های مورد بررسی 5 گونه شاملalternaria vaccinii ،aspergillus persii ، sordaria fimicola stemphylium majusculum و ulocladium consortiale آرایه های جدیدی برای مایکوفلور ایران می باشند. همچنین، 15 گونه برای مایکوفلور زردآلو، 15 گونه برای مایکوفلور هلو و 2 گونه برای مایکوفلور شلیل در ایران جدید بوده و تمامی گونه های معرفی شده برای اولین بار به عنوان قارچ اندوفیت از درختان زردآلو، هلو و شلیل در دنیا گزارش می شوند. این تحقیق اولین مطالعه ی قارچ های اندوفیت درختان زردآلو، هلو و شلیل در ایران و دنیا است.