در سال های اخیر، پیشرفت سوخت های زیستی به عنوان منبع انرژی حمل و نقل در کشورهای صنعتی به دلیل محدودیت منابع نفتی و نگرانی ها پیرامون آلودگی محیط زیست و گرمای جهانی مورد توجه خاصی قرار گرفته است. بنابراین، یافتن منابع انرژی تمیز جدید، به یکی از مهم ترین چالش های جهانی تبدیل شده است. اخیراً، سیانوباکتر ی به عنوان یکی از کاندیدهای مناسب تولید سوخت زیستی مطرح شده است؛ لیپید سیانوباکتریایی می تواند یک پیش ماده ی محتمل جهت تولید بیودیزل باشد. در این مطالعه، پنج جدایه ی سیانوباکتری از نواحی بومی مختلف ایران جداسازی شدند و براساس میزان تولید لیپید مورد ارزیابی قرار گرفتند. جدایه ی synechococcus sp. hs01 با بیش ترین میزان بهره دهی زیست توده و لیپید به عنوان جدایه ی منتخب، برگزیده شد. به منظور غربال گری ترکیبات محیط کشت جهت ارزیابی کشت میکسوتروفی، جدایه ی منتخب در محیط کشت های مختلف کشت داده شد. کشت میکسوتروفی این جدایه با استفاده از منبع کربن روغن شترمرغ موجب تولید بیش ترین میزان بهره دهی لیپید گردید. آنالیز کروماتوگرافی گازی (gc) متیل استر اسیدهای چرب (fame) لیپیدهای استخراج شده از جدایه ی سیانوباکتریایی منتخب در محیط کشت شامل روغن شترمرغ نشان دهنده ی مقادیر بالای اسیدچرب ها c-16 (پالمیتیک اسید و پالمیتولئیک اسید) و c-18 (اولئیک اسید، لینولئیک اسید و لینولنیک اسید)، به ترتیب برابر با 42/7% و 42/8% بود. درنهایت، بهینه سازی محیط کشت با استفاده از مدل رویه پاسخ (rsm) در محیط کشت شامل g. l-1 1/12 سدیم نیترات، (v/v) 1% روغن شترمرغ و (w/v) 0/09 % سدیم کلرید موجب تولید بیش ترین میزان بهره دهی لیپید برابر با mg.l-1 56/5 (2/82 بربر نسبت به کنترل) گردید. با توجه به این که بهره دهی لیپید بالا و پروفایل مناسب اسیدچرب مهم ترین ابزارهای تولید انرژی زیستی از سیانوباکتری ها می باشند، ، نتایج حاصل از این مطالعه نشان می دهد، لیپید استخراج شده از سیانوباکتری synechococcus sp. hs01 می تواند به عنوان یک پیش ماده ی محتمل تولید بیودیزل مطرح گردد.