چکیده واریانس باقیمانده منبع خطایی است که برصحت و دقّت مطالعات ژنتیکی موثر است. هرچه مدل کامل¬تری برای ارزیابی ژنتیکی استفاده شود مقادیر باقیمانده کمتر¬ی مشاهده خواهد شد. اندازه¬گیری و بیان مقدار تغییر¬ات با واریانس انجام می¬گیرد. واریانس باقیمانده در ارزیابی بهتر حیوانات موثر خواهد بود. هدف مطالعه حاضر بررسی وجود و میزان تأثیر نا¬همگونی واریانس باقیمانده در ارزیابی ژنتیکی صفات تولید¬مثل در گاو هلشتاین ایران بود. در این مطالعه رکورد¬های ثبت شده در مرکز اصلاح¬نژاد دام کشور (1360 تا 1390) مورد استفاده قرار گرفت. آماده¬سازی داده-ها با نرم¬افزار¬های cfc و foxpro9 صورت گرفت، تجزیه و تحلیل¬های ژنتیکی با نرم¬افزار asreml3.1 و تجزیه و تحلیل¬های آماری با نرم¬افزار¬های pwrو agricolae تحت نرم¬افزارr.2.14 انجام شد. صفات تولید¬مثل عبارت از فاصله گوساله زایی (ci)، گوساله زایی تا اولین تلقیح (ctfs)، فاصله اولین تلقیح تا تلقیح منجر به آبستنی (fstc) در سه شکم اول زایش بود. با استفاده از مدل خطی اثر عوامل محیطی و ژنتیکی ثبت شده بر روی این صفات شامل اثرات ثابت گله_سال_فصل، سن زایش، درصد هلشتاین-فریژین، تیپ زایش و جنس بررسی شد. عوامل موثر در نظر گرفته شده در ایجاد نا همگونی واریانس در این تحقیق، سال زایش، اندازه گله، میانگین مقدار تولید شیر می¬باشد. نتیجه حاصل از آزمون بارتلت نشان داد که نا¬همگونی واریانس دارای اثر کاملاً معنی¬دار (001/0p< ) بر صفات تولید¬مثل می-باشد. با استفاده از آزمون نسبت لگاریتم درست¬نمایی مدل سال زایش به عنوان مدل مناسب انتخاب شد. همبستگی رتبه¬ای اسپیرمن بین مدل نا¬همگون در مقایسه با مدل پایه در همه موارد به جزء برای 10 درصد برتر حیوانات نر در صفت ctfs ، بالا و نزدیک به 1 برآورد شد. این نتایج نشان¬دهنده عدم تغییر رتبه¬بندی حیوانات مورد مطالعه با مدل نا¬همگون بود. برای ارزیابی دقت ارزش¬های اصلاحی از آزمون t.test استفاده گردید. در نظر گرفتن عامل سال اثر معنی داری در میانگین معیار خطا و صحت ارزش های اصلاحی برآورد شده داشت. در نظر گرفتن عامل سال به صورت کلی تأثیری روی برآورد روند ژنتیکی نداشت. کلمات کلیدی: ارزیابی ژنتیکی، گاو هلشتاین، ناهمگونی واریانس باقیمانده.