گوجه‏فرنگی با نام علمی lycopersicum esculentum miller گیاهی از خانواده سیب زمینی می¬باشد. گوجه-فرنگی پس از سیب زمینی از نظر اقتصادی در مقام دوم جهان قرار دارد. این تحقیق به منظور شناسایی بیمارگرهای قارچی و باکتریایی گوجه فرنگی در منطقه سیستان و کنترل بیولوژیک این عوامل با آنتاگونیست¬های جداسازی شده از ناحیه ریزوسفر این گیاه در طی سال زراعی 93-92 صورت گرفت. جهت شناسایی عوامل بیماریزا، نمونه¬برداری¬های متعددی از بخش¬های هوایی و زیر¬زمینی گیاه از مزارع و گلخانه¬های گوجه¬فرنگی بعمل آمد. نمونه¬های مشکوک به آزمایشگاه منتقل و پس از شست¬و¬شو زیر جریان ملایم آّب و ضدعفونی سطحی، نمونه¬های قارچی روی محیط کشت pda و نمونه¬های باکتریایی روی محیط کشت na کشت داده شدند. باکتری¬ها و قارچ¬های خالص سازی شده با استفاده از کلید¬های شناسایی معتبر تا سطح گونه شناسایی شدند. سپس آزمون بیماریزائی انجام شد. گونه¬های fusarium solani، fusarium compactum، fusarium tucumaniae، fusarium virguliforme، fusarium psedoantophilum، fusarium acuminatum، fusarium heterosporum، fusarium semitectum، fusarium oxysporum، rhizoctonia solani، pythium aphanidermatum، macrophomina phaseolina از ناحیه طوقه و ریشه بعنوان عوامل پژمردگی، بوته میری، پوسیدگی ذغالی و گونه¬های alternaria alternata، alternaria tomaticola، alternaria dumosa، alternaria mimicula، alternaria arborescens، alternaria tenuissima، cladosporium cladosporiodes بعنوان عوامل لکه برگی و pseudomonas syringae ، xanthomonas campestris ، بعنوان عوامل بیماریزای باکتریایی شناسایی شدند. گونه¬های f. virguliforme، f. compactum ، cladosporiodes c. برای اولین بار از روی گوجه فرنگی در ایران جداسازی گردید و گونه f. tucumaniae برای میکوفلور ایران جدید است. نمونه برداری جهت جداسازی عوامل آنتاگونیستی از ناحیه ریزوسفر گیاهان آلوده و سالم صورت گرفت. آنتاگونیست¬های جداسازی شده متعلق به دو گونه trichoderma harzianum و trichoderma virensو جدایه¬های باکتریایی متعلق به گونه bacillus subtilis بودند. در آزمایشگاه برای بررسی اثرات عوامل آنتاگونیستی جدا سازی شده علیه بیمارگرهای قارچی و باکتریایی از روش کشت متقابل روی محیط pda استفاده شد. دو گونه t. harzianum، t. virens و هشت جدایه از bacillus که آنتاگونیست¬های موثر¬تری بودند برای آزمایشات بعدی انتخاب شدند. آزمایشات در قالب طرح کاملآ تصادفی با سه تکرار انجام شد. تجزیه واریانس داده¬های بدست آمده با استفاده از نرم¬افزار sas انجام شد و مقایسه میانگین صفات با استفاده از آزمون دانکن در سطح احتمال پنج درصد صورت گرفت. نتایج آزمایشات گلخانه¬ای نشان داد که در تیمار خاک با دو قارچ آنتاگونیست t. harzianum، t. virens و دو جدایه باکتریایی bs1 و bs2 شدت بیماری ایجاد شده توسط پاتوژن¬های مورد مطالعه نسبت به شاهد آلوده کاهش یافت. در خاک¬های تیمار شده با عوامل آنتاگونیستی بدون حضور بیمارگر افزایش قابل توجهی در فاکتور¬های رشدی گیاه مشاهده شد.