هم ترازی بهینه یک ابزار ضروری جهت شناسایی عملکرد یک توالی زیستی برای زیست شناسان است. از جمله ابزار هایی که این هم ترازی بهینه و معنی داری آماری آن را محاسبه می کنند می توان به روش های ‎‎‎‎blast‎‎ و ‎‎‎‎ h-‎tuple‎‎اشاره کرد. تصحیح اثر لبه‏، روشی در بهبود معنی داری آماری هم ترازی بهینه می باشد. تصحیح اثر لبه در روش ‎‎‎‎blast‎‎ بررسی شده است. ما در این پایان نامه‏، تصحیح اثر لبه و تاثیر آن بر روش ‎‎‎h-‎tuple‎‎‎‎‎‎ را بررسی کرده و آن را با روش ‎‎‎‎blast‎‎‏، با استفاده از منحنی ‎roc‎‎‎‏، بر روی داده های واقعی مقایسه می کنیم. نتایج حاصل نشان می دهد که تصحیح اثر لبه کارایی هر دو روش را افزایش می دهد. همچنین روش ‎h-‎tuple‎‎ با تصحیح اثر لبه و بدون آن از روش ‎‎‎‎blast‎‎ کاراتر می باشد.