چکیده نیشکر با نام علمی saccharum officinarum l. گیاهی از تیره ی غلات است که به عنوان یک گیاه چند ساله یکی از مهم ترین منابع کربوهیدرات در جهان می باشد. بیماری موزاییک نیشکر یک بیماری خسارت زا در کشورهایی است که این محصول کشت می شود و توسط برخی از اعضای جنس potyvirus ایجاد می گردد که از جمله ی آن ها می توان به ویروس موزاییک نیشکر و ویروس موزاییک کوتولگی ذرت اشاره کرد. در نمونه برداری های انجام شده از مزارع نیشکر استان مازندران در سال زراعی 92 گیاهانی با علائم موزاییک مشاهده گردید. در این پژوهش تعداد 120 نمونه ی مشکوک به بیماری ویروسی از چهار منطقه استان مازندران شامل: بابلسر، بهنمیر، قایم شهر و ساری جمع آوری گردید. با استفاده از آزمون acp-elisa تعداد 105 نمونه آلوده به پوتی ویروس ها شناسایی شد. هم چنین آزمون das-elisa مشخص کرد که تمام نمونه های مثبت آزمون قبل آلوده به ویروس scmv می باشند. آزمون های سرولوژیکی آلودگی نمونه های جمع آوری شده را به ویرو س های موزاییک کوتولگی ذرت، موزاییک سورگوم، موزاییک قیاق و موزاییک رگه ای نیشکر نشان نداد. آزمون تعیین دامنه میزبانی جدایه‏ ی بهنمیر، روی تعداد 20 گونه‎ گیاهی تیره ی غلات انجام و مشخص شد که این جدایه دارای دامنه‏ی میزبانی محدودی می‏باشد و ویروس فقط در پنج گونه سوروف، سورگوم، نیشکر، قیاق، ذرت و رشدی موفق به تکثیر شده است. بهره گیری از جفت آغازگرهای دژنره ی cirev/cifor و sprimer/m4t در واکنش های زنجیره ای پلی مراز به ترتیب منجر به تکثیر قطعاتی به اندازه ی 700 و 1800 جفت باز از نواحی کد کننده اندامک درون سلولی و انتهای 3´ ژنوم چهار جدایه انتخابی گردید. مقایسه ی ترادف های به دست آمده از هر دو با ترادف های موجود در genbank در پایگاه اطلاعاتی ncbi با استفاده از برنامه blast بیش ترین شباهت را با دو جدایه ایرانی، دو جدایه ی آرژانتینی و یک جدایه ی استرالیایی از ویروس موزاییک نیشکر (sugarcane mosaic virus) نشان داد.