سیکلوسپورین a یکی از داروهای مهارکننده سیستم ایمنی است که به طور گسترده در عمل های پیوند اعضا بکار می رود. سیکلوسپورین a به پروتئین سیتوزولی سیکلوفیلین در سلول های لنفوسیت به خصوص لنفوسیت t اتصال می یابد. در این پایان نامه نحوه اتصال سیکلوسپورین به سیکلو فیلین با استفاده از داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد بررسی قرار گرفت که برای محاسبات داکینگ از برنامه autodock 4 و برای شبیه سازی های دینامیک مولکولی از نرم افزار amber استفاده شد. انرژی اتصال سیکلوسپورین a و 11 مشتق از سیکلوسپورین توسط روش های mm-pbsa و gbsa محاسبه شد. نتایج نشان داد که ترکیبات شماره 8 و 11 دارای انرژی اتصال منفی تر و قدرت اتصال بیشتر به گیرنده سیکلوفیلین نسبت سیکلوسپورین a می باشند. در مشتق شماره 8 یک گروه متیل غیر اشباع به زنجیره جانبی رزیدوی bmt متصل شده و در ترکیب شماره یازده متیل به گروه آمید رزیدوی d-ala اضافه گردید. این ترکیبات می توانند به عنوان ترکیبات طراحی شده ی تاثیرگذاری برای تحقیقات تجربی بعدی مورد استفاده قرار گیرند. متاسفانه سایر مشتقات طراحی شده دارای انرژی اتصال کمتری نسبت به انرژی اتصال سیکلوسپورین a به سیکلوفیلین بودند.