فعالیت برخی مشتقات دارویی تتراهیدروکربازول به عنوان مهار کننده های گیرنده 5-ht6 با استفاده از روش qsar مبتنی بر ساختار پروتئین و qsar مبتنی بر لیگاند پیش بینی شد. به این منظور ساختار سه بعدی پروتئین هدف (5-ht6) از روش مدل سازی همسانی بدست آمد. سپس از داکینگ مولکولی برای بررسی برهم-کنش های موثر بین پروتئین و مشتقات تتراهیدروکربازول استفاده شد. مطالعات داکینگ مولکولی نشان داد که برهم کنش های آب گریز و پیوند های هیدروژنی نقش مهمی در تعیین میزان فعالیت این ترکیبات دارویی دارند. همچنین اندازه و شکل فضایی ترکیبات امکان برقراری برهم کنش های فضایی بین داروها و آمینواسید های پروتئین را بیشتر می کند. بیش از 1900 توصیف کننده ی مولکولی به کمک نرم افزار های dragon، codessa، hyperchem و autodock 4.2 برای مولکول های جای یابی شده در ساختار پروتئین محاسبه شدند. این توصیف کننده ها ویژگی های ساختاری ترکیبات متصل شده به جایگاه فعال پروتئین را به صورت عددی بیان می-کنند. روش mlr برای مدل سازی خطی و ماشین بردار پشتیبان (svm) برای مدل سازی غیر خطی استفاده شد. نتایج بررسی پارامتر های آماری مدل های فوق نشان دادند که مدل mlr ساخته شده نسبت به مدل svm برتری دارد. بنابراین ارتباط بین توصیف کننده ها و مقدار تجربی ثابت مهار عمدتاً، خطی می باشد. مقایسه نتایج مدل های حاصل حاکی است که مدل qsar مبتنی بر ساختار پروتئین نسبت به مدل مبتنی بر ساختار لیگاند قابلیت پیش بینی بهتری دارد. کلمات کلیدی: مدل سازی همسانی، داکینگ مولکولی، ثابت مهار، روابط کمی-ساختار فعالیت بر پایه ساختار پروتئین.