آفتابگردان با نام علمی.helianthus annuus l به علت داشتن روغن با کیفیت بالا از اهمیت خاصی در تغذیه انسان برخوردار است. یکی از مهمترین بیماریهای آفتابگردان در ایران بوته میری و پوسیدگی ریشه و طوقه آفتابگردان ناشی از قارچsclerotinia sclerotiorum می باشد. در مطالعه حاضر تغییرات بیوشیمیایی و آنزیمی در دو ژنوتیپ آفتابگردان ,c100) (c39 با واکنش متقابل به دو ایزوله قارچ اسکلروتینیا (sskh41 ,ssu107) بررسی گردید. آلودگی قسمت یقه ساقه ژنوتیپ های آفتابگردان با ایزوله های قارچی در مرحله 8 برگی انجام گرفت. 3، 6، 12، 24، 48 ساعت پس از تلقیح از ساقه گیاهان نمونه برداری انجام شد. نتایج نشان داد که ژنوتیپ های حساس و مقاوم پاسخ های متفاوتی در واکنش به بیماری اسکلروتینیا نشان می دهند. میزان فعالیت آنزیم های آنتی اکسیداتیو در ژنوتیپ های مقاوم افزایش و در ژنوتیپ حساس کاهش نشان داد و این خود نشانه ای از تفاوت گیاهان مقاوم و حساس می باشد.کمیت و کیفیت پروتئین محلول در لاین های حساس و مقاوم بعد از آلودگی با ایزوله های قارچی مورد مقایسه قرار گرفت و نتایج نشان داد که آلودگی قارچی باعث تجمع پروتئین هایی با وزن مولکولی پایین در لاین حساس و مقاوم می شود. الگوی الکتروفورزی در لاین های مورد مطالعه متفاوت بود.