آگاهی از میزان تنوع ژنتیک و درک روابط موجود بین گونه‎‎‎ها و توده‎های بومی کشور گام موثری در راستای حفظ ژرم‎پلاسم گیاهان می‎باشد. این پژوهش اولین گزارش از کاربرد نشانگرissr در بررسی سطح تنوع‎ ژنتیک درون و بین گونه‎ هفده توده بومی شوید (anethum graveolens l.)، مناطق مختلف ایران می‎باشد. در این مطالعه 5 نشانگر issr به کار گرفته شد که در کل 29 باند چندشکل ایجاد نمودند. میانگین کلی چندشکل 7/54% برآورد شد. بیشترین و کمترین میزان محتوای اطلاعات چندشکل، به ترتیب 46/0 در آغازگر ca8g و 4/0 در آغازگر ag8t و میانگین کلی 43/0 بود. بر اساس شاخص درصد مکان‎های ژنی چندشکل، هتروزیگوسیتی موردانتظار، شاخص اطلاعات شانون و تعداد الل‎های موثر، بیشترین تنوع ژنتیک در بین تمام جمعیت‎ها در توده‎‎ اردبیل و کمترین تنوع ژنتیک در توده‎‎ آذرشهر، مشاهده شد. ماتریس عدم‎ تشابه نشان داد که جمعیت‎های ساری و کرمان بیشترین و جمعیت‎های اهواز و نهاوند کمترین فاصله ژنتیک را داشتند. تقسیم‎بندی تغییرات درون و بین جمعیت‎ها با استفاده از تجزیه واریانس مولکولی، نشان داد که 88% کل تغییرات ژنتیک در رویشگاه وجود داشته است. درخت‎واره upgma ارتباط ضعیف بین تنوع‎ مولکولی و گروه‎بندی جغرافیایی را در بین توده‎های مطالعه شده گیاه شوید نشان داد.