در این پژوهش، برای استخراج پروتئین از عضله ی تیره ی ماهی تون زرد باله (thunnus albacares) به روش ph-shift، از سه تیمار اسیدی 5/3، 3، 5/2 و سه تیمار بازی 5/11، 11، 5/10 استفاده شد. سپس اثر این تیمارها بر میزان بازدهی پروتئین، اکسایش و ویژگی های کاربردی پروتئین ها بررسی شد. بر طبق نتایج بدست آمده بیش از 80% پروتئین ها بازیافت شدند. در بین دو گروه تیمار مورد بررسی بیش-ترین بازیافت پروتئین ها مربوط به تیمارهای قلیایی بود. در این فرآیندها بیش از 70% کاهش چربی به دست آمد که این میزان در تیمارهای قلیایی بالاتر بود. بنابراین میزان اکسایش در نمونه ها نیز پایین بوده است. ایزوله ی پروتئین به دست آمده به دلیل استفاده از عضله ی تیره، تیره رنگ بود. در بین تیمارها، تیمار اسیدی 5/3 بیشترین ظرفیت نگهداری آب و تیمار قلیایی 11 بیشترین ویسکوزیته را دارا بودند. با توجه به نتایج قدرت ژلی و شاخص های بافتی، پروتئین های به دست آمده از عضله ی تیره، به دلیل تغییر ماهیت پروتئین ها در ماهی هنگام جابه جایی، نگهداری و فرآوری، ژل چندان مطلوبی تولید نکردند. تشکیل باندهای پروتئینی در الکتروفورز نیز مشخص کرد که پایداری پروتئین ها هنگام بالا رفتن ph مناسب بوده است. این پژوهش نشان داد که ایزوله ی پروتئین تون توانایی کاربرد در فرمولاسیون مواد خوراکی مختلف را دارا است و این مهم می تواند ضمن افزایش بهره وری موجب ایجاد ارزش افزوده در صنعت فرآوری آبزیان شود.