گندم امر آلوپلی پلوئیدی است که در حدود 300 هزار سال پیش از تلاقی دو گونه تریتیکوم یورارتا و آجیلوپس اسپلتویدس به طور طبیعی در خاورمیانه به وجود آمد. یکی از ویژگی¬های مهم گندم امر، ارزش آن در داشتن مقاومت در برابر تنش¬ها و بیماری¬های مختلف است. همچنین، دارای ترکیبات فیبر، آنتی اکسیدان و مقادیر زیادی از عناصر آهن و روی نسبت به گندم های دوروم و نان می باشد. در این تحقیق تنوع ژنتیکی 26 ژنوتیپ گندم¬ امر وحشی با استفاده از نشانگرهای مولکولی مبتنی بر est و نشانگر scot بررسی شد. از میان 26 نشانگر plug (که مبتنی بر est هستند) و 20 نشانگرscot مورد استفاده، 5 نشانگر plug و 19 نشانگرscot چندشکل و تکرارپذیر بودند. داده¬های حاصل از این نشانگر ها برای تجزیه خوشه¬ای استفاده شدند. میانگین شاخص محتوای اطلاعات چند شکل(pic) و شاخص اطلاعات شانون (i) برای آغازگر plug به ترتیب 19/0، 318/0 بود. همچنین برای نشانگرscot میانگین شاخص¬های فوق به ترتیب 17/0، 09/1 و 41/0 بدست آمد. بین ژنوتیپ¬ها در تجزیه داده¬های نشانگرplug و نشانگر scot میانگین تنوع نی به ترتیب 17/0 و 19/0 بدست آمد .همچنین بین داده¬های مولکولی و ریختاری همبستگی معنی¬داری مشاهده نشد. نتایج تجزیه واریانس داده¬های ریختاری نشان داد که ژنوتیپ¬ها در صفات ارتفاع ساقه، تعداد خوشچه و عرض برگ پرچم در سطح یک درصد دارای اختلاف معنی¬دار بودند که نشان از وجود تنوع ریختاری زیاد در بین ژنوتیپ-ها بود. کلمات کلیدی: تنوع ژنتیکی، گندم امر وحشی ، نشانگر مولکولی، scot ، plug