توت فرنگی گیاهی از جنس فراگاریا و خانواده گل سرخیان است که در تمام جهان دارای پراکندگی وسیعی بوده و به خاطر محصول میوه آن بسیار مورد توجه است. بررسی تنوع ژنتیکی در جمعیت ها و گونه های توت فرنگی به عنوان عامل پایداری در برابر تغییرات شرایط زیست محیطی، تنش ها و همچنین در جهت ایجاد رقم های جدید و مطلوب بسیار ضروری است. به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی در بین 40 ژنوتیپ توت فرنگی با شجره و خاستگاه متفاوت از 40 آغازگر مربوط به سه نشانگر مولکولی scot، issr و irap استفاده شد. 36 آغازگر قادر به تشکیل نوارهای تکرارپذیر و قابل نمره دهی بودند. در کل با استفاده از هر سه آغازگر، 473 نوار تشکیل شد که 418 نوار (37/88 درصد) از آن ها چندشکل بودند. نشانگرهای irap و scot به ترتیب دارای بیشترین (49/0) و کمترین (43/0) مقدار محتوی اطلاعاتی چندشکلی (pic) بودند. نسبت تنوع ژنتیکی محاسبه شده برای هر سه نوع نشانگر scot، irap و issr نسبتاً نزدیک بود. بر اساس آزمون مانتل همبستگی قابل توجهی (p<0.001) بین این سه نشانگر وجود داشت. با استفاده از داده های ژنتیکی حاصل از سه نوع نشانگر با هم و تجزیه خوشه ای بر مبنای ضریب تشابه دایس و الگوریتم upgma ژنوتیپ ها در ده گروه دسته بندی شدند. دسته بندی ژنوتیپ ها تا حدود زیادی با خاستگاه و شجره ژنوتیپ ها مورد بررسی مطابقت داشت. مقایسه الگوهای حاصل از تجزیه خوشه ای بر اساس هر سه نشانگر نشان داد که مطابقت گروه ها با خاستگاه و شجره بر مبنای آغازگر scot بیشتر از دو نشانگر دیگر بوده است. با توجه به هم گروه شدن رقم کردستان (که اطلاع دقیقی از خاستگاه و نام واقعی آن نیست) و رقم آمریکایی هانوی بر اساس اطلاعات حاصل از هر سه نشانگر، این امکان که رقم کردستان منشعب از رقم هانوی یا خویشاوند آن باشد تقویت می شود. نمودار دو بعدی حاصل از تجزیه به مختصات اصلی نیز مطابقت زیادی با نتایج تجزیه خوشه ای داشت. بر اساس تجزیه واریانس مولکولی، تفاوت بین خاستگاه ها معنی دار بود (p<0.01) و 9% از تنوع ژنتیکی، به بین خاستگاه ها و 91% تنوع به داخل خاستگاه ها اختصاص یافت. آغازگرهای scot، irap و issr تعداد زیادی نوار چند شکل تولید کردند که در مطالعات شناسایی ژنوتیپ ها توت فرنگی و بررسی تنوع ژنتیکی می توانند مفید واقع شوند.