رسیدن به بیشترین بازده و سود اقتصادی بدون افزایش اندازه گله از مهمترین اهداف مزارع پرورش گاو شیری است و با توجه به اینکه شیر و سایر محصولات حاصل از آن از مهم ترین اجزای تشکیل دهنده مواد غذایی انسان می باشند، افزایش تولید و بهبود کیفیت همواره به عنوان یکی از مهمترین اهداف در صنعت تولید شیر مطرح بوده است. برای رسیدن به بهبود ژنتیکی در زمینه افزایش تولید وکیفیت محصول، می توان از روش های انتخاب استفاده نمود. روش های جدید انتخاب مانند استفاده از چند شکلی ژنتیکی ژن های موثر بر صفات تولیدی به عنوان نشانگر ژنتیکی در کنار سایر روش های مرسوم موجب سرعت بخشیدن به فرآیند بهبود ژنتیکی، افزایش دقت در انتخاب و کم شدن میزان اریبی ارزیابی ها در جوامع مورد انتخاب می شود. ژن های زیادی تا کنون شناخته شده است که بر روی صفات تولید شیر و ترکیب موثر بوده است و می توان از این ژن ها به عنوان نشانگرهای ژنتیکی استفاده کرد. یکی از ژن هایی که برای این منظور پیشنهاد شده است، ژن پروتیین بتالاکتوگلوبولین می باشد. بتالاکتوگلوبولین پروتیین کوچک کروی و پروتیین اصلی بخش آب پنیر شیرنشخوارکنندگان است که در شیر برخی از غیر نشخوارکنندگان نیز موجود می باشد. مطالعات نشان داده که این پروتیین در اکثر نژادهای گاو شیری دارای چند شکلی است که این به دلیل جانشینی ساده یک جفت باز در ژن بتالاکتوگلوبولین است که می تواند با استفاده از تکنیک pcr-rflp تشخیص داده شود. در این مطالعه هدف تعیین چند شکلی در این جایگاه و تعیین آثار این چندشکلی بر صفات تولیدی در گاوهای نژاد هلشتاین در ایران بود. در مجموع 234 نمونه خونی از گاوداری های استان اصفهان جمع آوری و به روش نمکی میلر استخراج dna ژنومی انجام شد. برای تعیین ژنوتیپ از تکنیک pcr-rflp استفاده شد، ابتدا قطعه حاوی جهش ایجاد کننده چند شکلی به وسیله آغازگرهای اختصاصی تکثیر شد. سپس محصول 262 جفت بازی توسط آنزیم haeiii مورد هضم آنزیمی قرار گرفت و محصول هضم بر روی ژل پلی اکریل آمید بارگذاری شد. وجود قطعات 153و 109 جفت بازی نشان دهنده آلل a و قطعات 109، 74 و 79 جفت بازی نشان دهنده آلل b بود. تعیین فراوانی های آللی و ژنوتیپی نشان داد که آلل b با فراوانی 525/0 فراوانترین آلل و ژنوتیپ ab با فراوانی 41/0 فراوانترین ژنوتیپ بود. برای تعیین اثر ژنوتیپ از نرم افزار (proc glm) sasاستفاده شد. در مدل خطی مورد استفاده اثر گله و اثر ژنوتیپ به عنوان آثار ثابت و روزهای شیردهی، خشک و باز به عنوان واریانس کمکی در نظر گرفته شد. صفات مربوط به تولید و ترکیب شیر و صفات تولید مثلی و وزن تولد مورد بررسی قرار گرفت که ژنوتیپ ژن بتالاکتوگلوبولین بر صفات وزن تولد (05/0p<) و تولید شیر خام (10/0p<) اثر معنی دار داشت. مشاهده شد که در مقایسه با سایر ژنوتیپ ها، ژنوتیپ aa از نظر آماری به طور معنی داری در ارتباط با تولید شیر خام بیشتر و وزن تولد بالاتر بوده است. با تکیه بر نتایج این تحقیق و در نظر گرفتن همبستگی بین این صفات و سایر صفات می توان امیدوار بود که طرح ریزی و اجرای برنامه های به نژادی در جوامع مورد انتخاب با بازدهی و موفقیت بیشتری همراه باشد.