در این پژوهش، تنوع ژنتیکی 21 جمعیت آویشن از مناطق مختلف کشور با استفاده از نشانگرهای aflp و ترکیب های شیمیایی موجود در اسانس ارزیابی شدند. پس از هضم dna ژنومی نمونه های مورد مطالعه به کمک آنزیم های ecori و msei، از 10 ترکیب آغازگری برای تکثیر و انگشت نگاری نمونه ها استفاده شد. آغازگرهای مورد مطالعه در کل 490 نوار ایجاد کردند که از این تعداد، 459 نوار (95/93%) چندشکل بودند. محتوای اطلاعات چندشکل (pic)، از 31/0 تا 42/0 متغیر و میانگین آن 37/0 تعیین شد. برآورد میانگین تنوع ژنی نی (h) و شاخص شانون (i) نشان داد که بیشترین تنوع ژنتیکی در نشانگر e32-m93 (47/0=i و 32/0=h) و کم ترین تنوع در نشانگر e33-m39 (32/0=i و 19/0=h) مشاهده شد. برای تعیین میزان تشابه بین جمعیت ها، از ضریب تشابه جاکارد استفاده شد و سپس از تجزیه خوشه ای به روش upgma به منظور گروه بندی نمونه ها استفاده گردید. نتایج تجزیه خوشه ای نشان داد که 21 جمعیت مورد مطالعه در پنج گروه اصلی قرار گرفتند. نتایج تجزیه به مختصات اصلی نیز نشان داد که آغازگرهای مورد استفاده توزیع نسبتا مناسب و یکنواختی در ژنوم جمعیت های مربوطه داشته و می توان نتایج حاصل از این آغازگرها را به کل ژنوم تعمیم داد. اسانس جمعیت های استان گیلان به روش تقطیر با آب استخراج شد و سپس ترکیب های تشکیل دهنده اسانس نمونه ها به وسیله gc و gc/ms مورد تجزیه و شناسایی قرار گرفتند. بیشترین و کمترین بازده اسانس نیز به ترتیب مربوط به دو گونه t. fedtschencoi (منجیل) وt. caucasicus (جاده اسالم به خلخال) بود. در مجموع 37 ترکیب در اسانس شناسایی شد که میزان آن ها از 786/42 تا 337/93 درصد متغیر بود. از میان ترکیب های شناسایی شده، 7 ترکیب در بین جمعیت ها مشترک بوده و از درصد نسبتا بالایی برخوردار بودند. همچنین فعالیت آنتی اکسیدانی عصاره های آبی و الکلی گیاه آویشن به روش dpph بررسی شد. از بین جمعیت های مورد مطالعه، گونه های t. pubescens در عصاره آبی و t. caucasicus در عصاره الکلی دارای بیشترین فعالیت آنتی اکسیدانی بوده و می توان از این گونه ها جهت مقاصد مختلف به ویژه کاربردهای دارویی استفاده کرد. نتایج حاصل از تجزیه خوشه ای بر مبنای ترکیب های شیمیایی نیز نشان داد که جمعیت های مربوط به یک گونه، ترکیب های شیمیایی مشابهی داشته و در یک گروه قرار گرفتند. به طور کلی، نتایج این مطالعه نشان داد که تنوع شیمیایی و مولکولی قابل توجهی بین جمعیت های مطالعه شده و به خصوص جمعیت های گیلان وجود داشت. همچنین، بین تنوع مشاهده شده از لحاظ نشانگرهای aflp با تنوع جغرافیایی مطابقت وجود داشت و گروه بندی حاصل از داده های مولکولی نیز تا حدی با گروه بندی ترکیبات شیمیایی مطابقت داشت.