چکیده جمع آوری ژرم پلاسم اولین قدم در راه اصلاح گیاهان است. با توجه به قدمت کشت و کار ارقام متنوعی از خربزه و طالبی در ایران، به نظر می رسد ذخایر ارزشمند و غنی ژنتیکی از این گیاه در ایران وجود داشته باشد. در این پژوهش تنوع ژنتیکی 15 توده خربزه بومی سیستان و 7 توده خربزه غیر بومی با استفاده از نشانگرهای issr بررسی گردید. در مجموع 6 آغازگر که دارای توالیهای ساده تکراری بودند برای تکثیر قطعاتی از dna ژنومی گیاه استفاده شد. دی ان آی ژنومی استخراج شده از نمونه های گیاهی با این آغازگرها تکثیر و محصولات حاصل با استفاده از ژل پلی اکریل آمید الکتروفورز شدند. در این بررسی 61 مکان ژنی امتیازبندی شدند که از این تعداد 46 مکان چندشکلی نشان دادند. برای ارزیابی شباهت ژنتیکی میان توده ها از تحلیل خوشه ای با استفاده از ضریب تشابه جاکارد با روش upgma استفاده گردید. میانگین فاصله ژنتیکی میان توده ها (با استفاده از ضریب تشابه جاکارد) 74/0 و میانگین محتوای اطلاعات چندشکل (pic ) 78/0 بود. آغازگر p3 بالاترین مقدار pic (93/0) را دارا بود. بررسی دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه ای تنوع بالایی را در بین ژنوتیپهای مورد مطالعه نشان داد. بیشترین فاصله ژنتیکی بین ژنوتیپ های کشیده خط دار و قندک میلک و کمترین فاصله ژنتیکی بین ژنوتیپهای سفیدک ده کهنه و سفیدک ادیمی بود. با توجه به نتایج و مشخص شدن کارآیی این نشانگر در تفکیک توده ها، جمع آوری و ارزیابی مولکولی ژنوتیپ ها از سایر نواحی پراکنش این جنس در منطقه، می تواند اطلاعات تکمیلی در ارتباط با تنوع و تاکسونومی این جنس فراهم نماید. کلمات کلیدی: خربزه، تنوع ژنتیکی، نشانگر issr