tnf-? یک سایتوکاین پیش التهابی است که اساسا بوسیله ماکروفاژهای تحریک شده ترشح می شود تا سیستم های کنترلی درگیر در تکثیر سلولی، تمایززدایی، التهاب، مرگ و تنظیم ایمنی را فعال کند. گرچه سطح طبیعی tnf-? برای تنظیم پاسخ های ایمنی بسیار مهم است، اما افزایش سطح آن باعث التهاب های مزمن، بیماری های خودایمنی و عفونت می شود. بنابراین هدف قرار دادن tnf-? با استفاده از آنتی بادی ها می تواند یک استراتژی درمانی موثر در کنترل و درمان چنین بیماری هایی باشد. از سویی اغلب آنتی بادی های موجود علیه tnf دارای عوارض جانبی گسترده ای می باشند که پروسه ی درمان را با مشکل مواجه می کند، از این رو نیاز به طراحی و تولید آنتی بادی های جدید با کارایی بالاتر و عوارض جانبی کمتر ضروری به نظر می رسد. قبل از تولید یک ترکیب دارویی جدید، در ابتدا باید ساختار آن طراحی گردیده و فعالیت و عملکرد بیولوژیکی آن ارزیابی گردد. عملکرد-های بیولوژیکی ماکرومولکول ها مثل پروتئین ها اساسا توسط ساختار مولکولی آنها تعیین می شود. روش های تجربی مختلف مثل کریستالوگرافی اشعه x و رزونانس مغناطیس هسته ای(nmr) ، برای توصیف و درک جزئیات اطلاعات ساختاری در سطح اتمی مورد استفاده قرار می گیرد، اما استفاده از روش های فوق جهت بدست آوردن اطلاعات ساختمانی بیوماکرومولکول ها بسیار مشکل و مستلزم هزینه های گزاف است .امروزه روش های محاسباتی مدلبندی مولکولی جهت پیش بینی و طراحی ساختار سه بعدی ماکرومولکول ها بسیار مناسب بوده و اخیرا بسیار مورد توجه قرار گرفته است. شبیه سازی مولکولی پروتئین ها و کمپلکس های پروتئین-پروتئین، اطلاعات مفیدی در مورد ساختار و برهمکنش های احتمالی ماکرومولکول ها بدست می دهد. هدف از این مطالعه ، پیش بینی ساختار سه بعدی برای کمپلکس های ایجاد شده بین tnf-? و آنتی بادی تک زنجیره ای hd2 می باشد. هدف کلی این کار طراحی و مدلبندی یک آنتی بادی تک زنجیره(scfv) انسانی شده علیه htnf-? و بررسی اینتراکشن آنهاست.مطالعه ی حاضر نشان داد که از بین مدل های ایجاد شده یرای آنتی بادی hd2 توسط الگو های مختلف، مدلی که براساس الگوی توالی پروتئینی مربوط به 2ghw ایجاد شده، بهترین انطباق را از لحاظ برهمکنش با نقاط اساسی و مهم در tnf-?(اسیدآمینه های مناطق 141-148) نشان می دهد. همچنین نتایج ala-scanning نشان داد جهش در هر کدام از اسیدآمینه های مهم hd2 در برهمکنش با tnf-? باعث بهبود ساختار کمپلکس tnf-?- hd2نشد. همچنین جهش زایی به اسیدآمینه هایی به غیر از آلانین نشان داد که فقط تبدیلf y27 باعث کاهش انرژی آزاد و افزایش پایداری ساختمان کمپلکس hd2-tnf-? می گردد.