عوامل بیماریزای قارچی مختلف سبب کاهش محصول حبوبات می شوند. قارچ های همزیست ریشه با جذب فسفر، سبب افزایش رشد رویشی و زایشی این گیاهان می شوند. به منظور شناسایی این قارچ-ها (بیماریزای گیاهی و همزیست ریشه) در مزارع حبوبات استان کهگیلویه و بویراحمد، بهار تا پاییز 1391 از 30 مزرعه حبوبات، در نقاط مختلف استان بازدید و از فراریشه، ریشه و اندام های هوایی بیمار آن ها نمونه برداری شد. برای جداسازی قارچ های بیماریزا، پس از ضدعفونی سطحی بافت های بیمار با هیپوکلریت سدیم 10 درصد روی محیط سیب زمینی/دکستروز/آگار کشت داده و درون انکوباتور در دمای 1±25 درجه سلسیوس نگهداری شدند. خالص سازی قارچ های روییده به روش نوک ریسه روی محیط آب- آگار انجام گردید. جهت شناسایی قارچ ها، از آن ها اسلاید های میکروسکوپی تهیه شد. از بافت های بیمار حبوبات در این استان 5 قارچ به اسامی fusarium oxysporum، fusarium solani، macrophomina phaseolina، alternaria alternata و ascochyta rabiei جداسازی گردید. آزمون اثبات بیماریزایی این قارچ ها در گلخانه انجام گردید. قارچ های a. alternata و f. oxysporum با 66/36 درصد و قارچ a. rabiei با 33/3 درصد به ترتیب بیشترین و کمترین فراوانی را در استان داشتند. هاگ قارچ های همزیست ریشه به روش الک سوسپانسیون خاک منطقه ریزوسفر در آب و سپس سانتریفیوژ کردن در محلول شکر 50% جداسازی و جمعیت هاگ ها در سوسپانسیون حاصل شمارش شدند. درصد کلنیزاسیون طول ریشه در هر نمونه پس از رنگ بری آن ها با محلول پتاسیم 10% و رنگ آمیزی با محلول لاکتوفنول/آنیلین بلو محاسبه شد. پس از تهیه اسلاید های میکروسکوپی، خصوصیات ریختی هاگ های جداسازی شده مطالعه و اندازه گیری شدند و اطلاعات جمع آوری شده، با توصیفات قارچ های همزیست ریشه مقایسه و قارچ های هر نمونه شناسایی شدند. بدین ترتیب 8 قارچ همزیست ریشه آربوسکولار، متعلق به 2 راسته، 3 تیره، 5 جنس به اسامی: glomus gibbosum، g. verruclusum،g. rubiformis،scutelospora erythropa ،septoglomus deserticola ،funneliformis mosseae، claroideoglomus claroideumوclaroideoglomus etunicatum شناسایی شدند. در بین این قارچ ها، قارچ c. claroideum با 66/66 درصد و قارچ g. gibbosum با 10 درصد به ترتیب بیشترین و کمترین فراوانی را داشتند. قارچ c. etunicatum برای دومین بار و بقیه قارچ های همزیست ریشه برای اولین بار از میکوفلور حبوبات در ایران گزارش می شوند. قارچg. verruclusum برای اولین بار از ایران و دومین بار در جهان گزارش می شود.