در مطالعه حاضر، بهینه سازی شرایط استخراج پروتئین هیدرولیز شده ضایعات فیله کردن ماهی آزاد با خاصیت آنتی اکسیدانی تولید شده با آنزیم تریپسین با استفاده از مدل فاکتوریل کامل مورد بررسی قرار گرفت. پروتئین هیدرولیز شده تحت 3 متغیر مختلف، زمان در دو سطح (1 و 3 ساعت) و میزان آنزیم در سه سطح (5/0، 1 و 2درصد) و دما در دو سطح (37 و 55 درجه سانتی گراد) تولید شد. میزان درجه هیدرولیز، بازیافت نیتروژن، فعالیت حذف رادیکال آزاد dpph برای تمام تیمارها و فعالیت کلاته کردن یون آهن فرو و قدرت کاهندگی برای 3 تیمار برتر اندازه گیری شد. تأثیر شرایط هیدرولیز نیز بر میزان درجه هیدرولیز، بازیافت نیتروژن و میزان حذف رادیکال آزاد dpph مورد مطالعه قرار گرفت. میزان پروتئین، چربی، رطوبت و خاکستر برای تیمار بهینه به ترتیب 03/0±63/83%، 01/0±6/0%، 1/0±8/5%، 2/0±3/5% بود که با ضایعات ماهی آزاد اختلاف معنی دار داشت (05/0?p). بیشترین میزان درجه هیدرولیز، بازیافت نیتروژن، میزان فعالیت حذف رادیکال آزادdpph ، فعالیت کلاته کردن یون آهن فرو و قدرت کاهندگی پروتئین های هیدرولیز شده به ترتیب 48/0±78/81%، 48/1±48/96%، 56/4±99/93%، 6/0±8/12%، 00/0±42/0 بدست آمد. نسبت میزان اسیدهای آمینه ضروری به کل اسیدهای آمینه و نسبت اسیدهای ضروری به اسیدهای آمینه غیر ضروری برای پروتئین هیدرولیز شده بهینه به ترتیب 51/52 درصد و 10/1 بود. نتایج نشان داد که هیدرولیز آنزیمی ضایعات ماهی آزاد منجر به تولید پپتیدهایی با خواص آنتی اکسیدانی می گردد که فعالیت آنتی اکسیدانی بهینه در غلظت آنزیم 2%، دمای 55 درجه سانتی گراد و مدت زمان یک ساعت بدست آمد و می تواند بعد از تایید مطالعات کلینیکی به عنوان مکمل غذایی مورد استفاده قرار گیرد.