رهیافت نهادی یکی از ستون های اساسی رشته ی سیاست می باشد، این رهیافت بر قواعد، رویه و سازمآن های رسمی حکومت تمرکز می نماید. هم چنین مطالعات قانون اساسی، اداره عمومی و نهادگرایی جدید همگی نهادها را به عنوان نقطه آغازین تحلیل خود در نظر می گیرند. بحث های حقوق اساسی و از جمله اصل تفکیک قوا و نتایج مترتب بر آن نیز در حیطه رهیافت نهادی قرار می گیرند. در این رساله سعی شده است تا تأثیر تغییرات در ساختار نظام سیاسی بر نوع رابطه میان دولت و مجلس در نظام جمهوری اسلامی ایران با استفاده از مقایسه رابطه قوه مجریه و پارلمان در دولت های موسوی و احمدی نژاد در چارچوب نهادی بررسی شود. بدین ترتیب نخست ساختار قانون اساسی مصوب سال 1358 و تأثیرات نهادی آن در سوق دادن نظام سیاسی به سمت یک نظام نیمه پارلمانی بررسی شده و نوع رابطه حمایتی مجلس با دولت در دوره موسوی مورد بحث قرار گرفته است. در ادامه تأثیرات نهادی مترتب بر اصلاحات قانون اساسی در سال 68 که منجر به تقویت جایگاه قوه مجریه در برابر مقننه شده است بررسی شده و رابطه پرتنش، مبتنی بر رقابت و چالش زای دولت احمدی نژاد با مجلس مورد بحث قرار گرفته است در ادامه با استفاده از شاخص هایی چون رأی اعتماد مجلس به وزرا، استیضاح وزرا، تعداد لوایح و طرح های تصویب و رد شده و نوع رابطه رئیس مجلس و رئیس دولت، رابطه دو دولت موسوی و احمدی نژاد با مجالس به روش مقایسه ای مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته است. بدین ترتیب رابطه دولت موسوی و مجلس، مبتنی بر همکاری و حمایت مجلس از دولت ارزیابی شده و رابطه دولت احمدی نژاد با مجلس، پرتنش و مبتنی بر رقابت میان دو نهاد تحلیل شده است و نوع ساختار نظام سیاسی به عنوان زمینه اصلی شکل دهنده نوع رابطه میان قوه مجریه و مجلس در این دو بازه زمانی معرفی شده و راهکار کاهش تنش ها و اختلافات فزاینده میان دولت و مجلس از دید این رساله، اصلاحات ساختاری معطوف به ایجاد تعادل و تناسب میان وظایف و جایگاه نهادهای قانونی از یک سو و اختیارات آن ها از سوی دیگر معرفی می شود.