تنوع ژنتیکی منابع آبزی ارزش گرانبهایی برای مدیریت و حفاظت دارد زیرا این اولین شرط لازم برای بقای جمعیت در شرایط محیطی در حال تغییر است. در این پژوهش با استفاده از 7 جایگاه ریزماهواره، ساختار ژنتیکی اردک ماهی به عنوان یکی از با ارزش ترین ماهیان استخوانی آب های داخلی حوزه جنوبی دریای خزر با جمع آوری 180 نمونه ماهی از 6 منطقه جنوبی دریایی خزر شامل تالاب انزلی، تالاب امیر کلایه، ایزدشهر، دریاچه ولشت، رودخانه تجن، تالاب لپوی زاغمرز در سال 1391 مورد ارزیابی قرار گرفت. بیشترین تعداد الل مربوط به جمعیت ماهیان تالاب انزلی و کمترین میزان در جمعیت ماهیان دریاچه ولشت بود. از نظر هتروزیگوسیتی بالاترین میزان مربوط به تالاب انزلی و کمترین رودخانه تجن بود. تنها جایگاه 76 elu در جمعیت تالاب لپوی زاغمرز فاقد انحراف از تعادل هاردی واینبرگ می باشد و سایر گروه ها انحراف از تعادل هاردی واینبرگ را نشان دادند. فاصله ژنتیکی 276/0 که نمایانگر تفاوت ژنتیکی قابل توجه بین جمعیت های مورد مطالعه می باشد. مقدار fst ( شاخص جدایی جمعیت ها) 252/0 محاسبه شد که اختلاف ژنتیکی بالای بین جمعیت ها را نشان داد. نتایج نهایی موید آن است که، 7 جایگاه ریزماهواره مورد استفاده تفاوت ژنتیکی را بین جمعیت ها نشان دادند و تنگنای ژنتیکی برای جمعیت اردک ماهیان ایران وجود دارد. بین فواصل جغرافیایی و ژنتیکی ارتباط معنی داری وجود داشته و تمام جمعیت ها از هم مجزا هستند.