ویروس پاپیلومای انسانی (hpv)، یک عامل بیماری زای مهم است که می تواند باعث ایجاد مشکلاتی در سلامتی گردد. hpv به خانواده پاپیلوماویریده تعلق دارد. این ویروس دارای ژنوم dna دو رشته ای می باشد که این ژنوم توسط پروتئین های کپسیدی حفاظت می شود. تا به حال، بیش از 200 تایپ hpv مختلف شناسایی شده است. hpvها به دو گروه جداگانه ی پرخطر و کم خطر دسته بندی می شوند. تایپ های کم خطر مانند hpv6 و hpv11 باعث ایجاد زگیل های خوش خیم تناسلی می گردند اما تایپ های پرخطر مانند hpv16 و hpv18 می توانند باعث ایجاد عفونت های مزمنی گردند که منجر به ایجاد سرطان می شود. ژنوم hpvمجموعه ای از پروتئین های اولیه (e1 و e2 و e4 و e5 و e6 و e7) و تأخیری (l1 و l2) را کد می-کند. پروتئین های تایپ های پرخطر و کم خطر hpv عملکرد متفاوتی را دارا می باشند؛ بنابراین یافتن روشی کامپیوتری برای پیش بینی این دو گروه ویروسی مورد نیاز به نظر می رسد. در مطالعه ی حاضر، خصوصیات فیزیکوشیمیایی پروتئین های اولیه و تأخیری و ویژگی های ژنومی تایپ های پرخطر و کم خطر hpv مطالعه گردید. هم چنین، به منظور ارزیابی اثری که فلاونوئیدها بر ضد hpvهای پرخطر دارند، مطالعاتی به صورت داکینگ انجام گرفت. نتایج نشان می دهدکه محتوای اسیدآمینه ای، خصوصیات فیزیکوشیمیایی و ساختمان دوم پروتئین e2 به طور معناداری بین دو گروه پرخطر و کم خطر hpv متفاوت اند. هم چنین، مشخص شد که میزان دی نوکلئوتید gc1 و میزان استفاده از کدون های agu، uau، uguو aaaدر بین این دو گروه متفاوت است. نتایج داکینگ با استفاده از نرم افزار نیز حاکی از آن است که ترکیبات catechin 5,4-di-o-gallate، luteolin 7-sambubioside، kaempferol-3-glucoside، cyanidin 3-(6-acetylglucoside) ، cyanidin 3-galactoside، eugenol، amyloxy iso-eugenol، eugenol benzoate، eugenyl phenylacetate، o,o-dimethylphosphonothionate of eugenol، luteolin 7-galactoside و kaempferol-7-o-glucoside کاندیداهای خوبی برای بلوکه کردن ناحیه ی pdz پروتئین e6 در تایپ پرخطر hpv16 به شمار می آیند. داده های این پژوهش نشان داد که ویژگی های بیوانفورماتیکی می تواند اطلاعات مفیدی را برای پیش بینی تایپ های پرخطر و کم خطر hpv فراهم آورد.