در آغازین سالهای جنگ تحمیلی به لحاظ شرایط بحرانی حاکم بر اقتصاد کشور بحث تعزیرات حکومتی با اجازه حضرت امام خمینی (ره) شکل گرفت تااینکه درسال 1373 با تصویب قانون اصلاح قانون تعزیرات حکومتی مصوب 23/12/1367 از سوی مجمع تشخیص مصلحت نظام سازمان تعزیرات حکومتی به شکل امروزی براساس مصلحت تاسیس گردید پس از تشکیل این سازمان رسیدگی به بسیاری از جرائم اقتصادی به عهده این سازمان محول گردید0 درطول این سالها ، سازمان تعزیرات حکومتی با چالشهای مختلفی از سوی منتقدین خود همراه بوده است تااینکه تصویب قانون نظام صنفی مصوب 24/12/1382 وسکوت تشخیص مجمع مصلحت نظام درمقابل مجلس شورای اسلامی مبنی بر انتزاع صلاحیت رسیدگی به جرائم مربوط به بخش خصوصی (اصناف ) از سازمان تعزیرات حکومتی، سازمان مزبور رابا چالش جدی مواجه کرد اما دیری نپاییدکه ناکارآمدی هیات های رسیدگی کننده به تخلفات صنفی باعث تجدیدنظر مسئولان در احیاء مجدد صلاحیتهای سازمان شد0 بررسی فرایند دادرسی درقانون تعزیرات حکومتی مصوب 23/12/ 1367 وقانون تعزیرات حکومتی اموربهداشتی ودرمانی مصوب 23/12/1367 مجمع تشخیص مصلحت نظام نشان می دهد خلاهای جدی در امر رسیدگی به این دسته از جرائم درقلمرو سازمان تعزیرات حکومتی وجود دارد از سوی دیگر صلاحیت ثانویه سازمان تعزیرات حکومتی ورسیدگی به جرائم راجع به قاچاق کالا وارز به استناد قانون نحوه اعمال تعزیرات حکومتی راجع به قاچاق کالا وارز مصوب 12/2/1374 مجمع تشخیص مصلحت نظام به این سازمان جایگاه حقوقی بخشیده است. از سوی دیگر این سازمان بنابه برخی دلایل من جمله اینکه بعنوان نهادی 1-در بدنه قوه مجریه به برخی تخلفات و جرائم رسیدگی می کند. 2-زاییده کار مجلس شورات اسلامی نبوده بلکه تأسیس خود را از مجمع تشخیص مصلحت نظام گرفته 3-عدم بهره مندی از آیین رسیدگی ویژه 4-ورود قانونی و رسیدگی قانونی به برخی از تخلفات و جرائمی که به موجب قوانین موازی در صلاحیت محاکم عمومی و انقلاب قرار دارد کار این سازمان را با چالشی مواجه کرده بعنوان مثال محاکم عمومی تخلفات بهداشت محیط اصناف راوفق قانون مجازات اسلامی رسیدگی می کنند شعب تعزیرات حکومتی نیز همچنین تخلف را وفق ماده 39 قانون تعزیرات حکومتی و مواد 17 و 68 قانون نظامی صنفی مصوب 24 و 12 و 82 رسیدگی می کنند. مع الوصف بنظر می رسد آنچه مصنف را جهت تأسیس و واگذاری برخی از تخلفات و جرایم به این سازمان متعاقد کرد لزوم نظارت دولت بر قیمت کالا و خدمات و فعالیت فعالان اقتصادی ، یاری کردن محاکم عمومی و انقلاب جهت پرداختن به امور مهم تر جلوگیری از سرخوردگی مردم و مصرف کنندگان چهت پیگیری تخلفات و جلوگیری از ورود آنان و به وادی پر پیچ و خم فرابند طولانی رسیدگی محاکم جمع زدایی، فضازدایی و پرهیز از جرم افکاری و جلوگیری از تشکیل سوابق سوء پیشینه کیفری که منجر به محدودیت به برخی از حقوق و فعالیت های اجتماعی و ده ها دلیل دیگر که اقتضائات مدرن جامعه امروزی فی الحال و آینده آن را ایجاب می نماید باشد. مضافا اینکه افزایش روزافزون مقوله تورم وگرانی وهمچنین دامن زدن برخی افراد تحت عنوان گرانفروشی به این مقولات واتخاذ سیاستهای جدیدازقبیل کاهش تصدی گری دولت ،ونیازبه تشدید بعدنظارت، وهمچنین جلب سرمایه گذاریهای خارجی وضرورت ایجاد امنیت برای سرمایه گذاری با استفاده از ظرفیتهای سازمان تعزیرات حکومتی (قوه مجریه ) همگی حاکی از ضرورت وجوداین سازمان در کنار محاکم عمومی و انقلاب باشد.