به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی و واکنش به کشت جنین ارقام مختلف گندم ایرانی، تحقیقی طی سال های 1391-1390 در آزمایشگاه های بیوتکنولوژی وکشت بافت پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه رازی انجام شد. طرح آزمایشی مورد استفاده برای مطالعه صفات القاء کالوس در 56 رقم گندم ایرانی، طرح کاملاً تصادفی با چهار تکرار و ده نمونه در هر تکرار بود. در این آزمایش نه صفت زراعی به منظور آزمون همبستگی با سایر صفات مولکولی و حاصل از کشت جنین مورد بررسی قرار گرفت. تنوع ژنتیکی ارقام با استفاده ازنشانگرهای مولکولی issr وrapd مورد ارزیابی قرارگرفت. از 30 آغازگر issr موجود 13 آغازگر نوارهای متعدد و چند شکل را تکثیر کردند. میزان چندشکلی حاصل از نشانگر issr برابر با (73%) بود. تجزیه خوشه ای با روش centroidبراساس نشانگر مولکولیissr ارقام را در هشت خوشه گروه بندی کرد. از 35 آغازگرrapd 20 آغازگر نیز نوارهای متعدد و چند شکل تکثیر نمودند. میزان چندشکلی حاصل از نشانگر rapd (85%) و ترکیب داده های مولکولی(55/86%) بود. الگوریتم گروه بندی flexi براساس rapd ارقام را در پنج گروه اصلی دسته بندی کرد. محتوای چند شکلی اطلاعات، میانگین شاخص نشانگر، نسبت چند شکلی موثر و قدرت تفکیک آغازگرهایrapd بیشتر از آغازگرهای issr بود. گروه بندی براساس داده های مولکولی تا حد زیادی ارقام را بر اساس منطقه جغرافیایی و آب و هوایی تفکیک نمود. نتایج حاصل از تجزیه واریانس کشت جنین نشان داد که بین ارقام مورد مطالعه از نظر صفات درصد القاء کالوس، سرعت رشد کالوس، رشد نسبی کالوس و سرعت رشد نسبی کالوس اختلاف معنی داری وجود دارد. نتایج مقایسه میانگین نشان داد که درصد القاء کالوس بین 100-75 درصد بوده و رقم شماره 44 (کراس البرز) بیشترین رشد نسبی کالوس (691/2) و سرعت رشد نسبی کالوس (06/.) را دارا بود. تجزیه همبستگی بین صفات اندازه گیری شده نشان داد که همبستگی بسیار معنی داری بین صفات رشد نسبی کالوس و سرعت رشد نسبی کالوس وجود دارد. آزمون مانتل بین نشانگرهای issrو rapd حاکی از همبستگی معنی دار بین این دو نشانگر بود. در نتیجه می توان گفت که هر دو نشانگر ارزیابی مشابهی از روابط ژنتیکی ارقام ارائه نمودند. همچنین نتایج آزمون مانتل نشان داد که بین داده های مولکولی issr و داده های زراعی (بدون تنش خشکی) همبستگی معنی داری وجود دارد اما بین rapd و داده های زراعی (بدون تنش خشکی و تنش) همبستگی معنی داری نبود. بین صفات القاء کالوس و داده های زراعی (بدون تنش خشکی)،issr و ترکیب داده های مولکولی همبستگی معنی داری مشاهده شد. بطورکلی نتایج این تحقیق نشان داد استفاده از داده های زراعی، القاء کالوس و نشانگرهای مولکولی rapd و issr می تواند جهت شناسایی وگروه بندی ارقام مختلف گندم مفید باشد.