مراجع حل اختلاف ثبتی به عنوان مراجع اختصاصی اداری زیر مجموعه سازمان ثبت اسناد و املاک و در نهایت قوه قضاییه قرار دارند .وظایف و صلاحیت های آنها در قوانین و مقررات بیان شده است .آیین دادرسی یا شیوه رسیدگی هر کدام هم نیز تا حدودی در قانون اختصاصی هر یک از مراجع تصریح گردیده است. اما در اغلب موارد اصول اختصاصی برای دادرسی در این مراجع پیش بینی نشده است . اصولا انتظار می رود آیین رسیدگی مراجع مذکور در عین تامین منافع عمومی سازمان بایستی تضمین کننده حقوق و منافع طرف مقابل یا متداعیین نیز باشد . امروزه در نظام های دموکراسی تلاش جدی جهت اعمال دادرسی منصفانه در مراجع اداری و تصویب قانون آیین دادرسی اداری واحد برای اجراء در تمام مراجع اداری با دو مرحله رسیدگی ماهیتی و یک مرحله رسیدگی شکلی (فرجام)مشاهده می شود .این اصول تحت دو عنوان کلی «اصل گوش فرا دادن به اظهارات طرفین دعوی »و فروعات آن از قبیل رعایت اصول کلی حقوقی ، امکان مشارکت یا دخالت طرفین دعوی در فرایند دادرسی منتهی به صدور رای ، اطلاع قبل از پرونده یا دعوی مطروحه و اعطای فرصت کافی دفاع ، امکان اعطاء وکالت و دخالت وکیل در دادرسی ، مستدل و مستند بودن آراء صادره از مراجع اداری ، امکان اعتراض به آراء صادره و همچنین « اصل بی طرفی »اصل استقلال و عدم نفع قاضی و عدم تبعیض از سوی وی مطرح می باشد . دراین تحقیق اصول مذکور در تمام مراجع حل اختلاف ثبتی که عبارتند از : 1 – هیات نظارت موضوع مواد6 و 25 قانون ثبت 2- شورای عالی ثبت 3- هیات حل اختلاف موضوع مواد 147 و 148 اصلاحی قانون ثبت 4- هیات حل اختلاف موضوع ماده 5 قانون نحوه صدور اسناد مالکیت املاکی که اسناد ثبتی آنها در اثر جنگ یا حوادث غیر مترقبه مانند زلزله ، سیل و آتش سوزی از بین رفته اند 5- هیات حل اختلاف موضوع بند 2 ماده 133 قانون برنامه چهارم توسعه ، اقتصادی ، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران مورد بررسی قرار می گیرند . البته در قوانین و آیین نامه های اجرایی و دستورالعمل های مراجع حل اختلاف ثبتی اصول فوق بصورت ناقص و ناکارآمد پیش بینی شده است درواقع تضمین کننده حقوق و آزادیهای طرفین نبوده و این امر باعث دور ماندن رسیدگی مراجع از دادرسی منصفانه منطبق با اصول دادرسی مذکور شده است .و همین امر در اکثر موارد کارآیی و اثر بخشی بعضی از مراجع حل اختلاف ثبتی را با مشکلاتی مواجه ساخته است .بطوری که آن گونه که شایسته است قادر نبوده در تضمین حقوق طرفین و برگزاری دادرسی عادلانه موثر واقع شده و آراء صائب و به دور از شبهه صادر نمایند .