نام پژوهشگر: معصومه عباسی دلویی

بررسی بیوانفورماتیکی اریبی کدون در چرخه های متابولیکی گاو شیری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی 1392
  معصومه عباسی دلویی   علی اصغر اسلمی نژاد

مطالعات زیادی در زمینه اریبی کدون در موجودات مختلف صورت گرفته است، اما هنوز بحث های زیادی در مورد آن وجود دارد. در این مطالعه، با دید بیوانفورماتیکی به بررسی این پدیده در چرخه های متابولیکی مهم در گاو پرداخته شده است. اریبی کدون و پارامترهای مهمی مانند شاخص سازگاری کدون، میزان gc و غیره و نیز الگوهای کدونی بکار رفته در چرخه ها با نوشتن برنامه ای به زبان r مورد بررسی قرار گرفتند. با توجه به پیش فرض اولیه برای انتخاب ژن های با بیان بالا (انتخاب ژن هایی با gc مساوی و یا بیشتر از میانگینgc در چرخه مربوطه)، تجزیه و تحلیل های نمودارهای بدست آمده از برنامه r نشان داد که اکثریت ژن ها دارای بیان، محتوای gc3، enc و cai بالا بودند. کدون هایی که دارای فراوانی بیشتری نسبت به دیگرکدون های مترادف بودند، به gیا c ختم می شدند. میزان rscu نیز در کدون های منتهی به g یا c نیز دارای بیشترین میزان بودند. نتایج حاصله نشان داد که پیش فرض اولیه تا حدودی تایید می گردد ولی برای نتیجه گیری قاطع نیاز به آزمایشات میکروآرایه می باشد.