در این پژوهش از روش سطح – پاسخ به منظور بررسی اثر ph و غلظت نمک بر بهینه سازی استخراج پروتئین دانه شنبلیله استفاده شد. ph و غلظت نمک بهینه برای دستیابی به ایزوله پروتئین بهینه با 1/89 درصد پروتئین به ترتیب برابر 25/9 و 33/0 مولار حاصل شد. ایزوله پروتئین حاصل از نظر اسیدهای آمینه نظیر آسپارتیک اسید و گلوتامیک اسید غنی بود که حضور باندهای پروتئینی در محدوده اسیدی 39 -30 کیلودالتون در الگوی الکتروفورز را تأیید می کرد. پارامترl* ایزوله پروتئین شنبلیله کمتر از ایزوله پروتئین تجاری سویا بود که نشان دهنده درجه روشنی کمتر می باشد. همچنین ایزوله پروتئین شنبلیله بهینه در مقایسه با ایزوله پروتئین تجاری سویا به طور معنی دار (05/0p<) از میزان حلالیت، ظرفیت کف کنندگی، پایداری کف و پایداری امولسیون بیشتری برخوردار بود؛ درحالیکه ظرفیت جذب آب، میزان پروتئین کوآگوله، ویسکوزیته و قابلیت ژله ای شدن کمتری در مقایسه با ایزوله پروتئین تجاری سویا داشت. تغییرات ph بر میزان حلالیت، ظرفیت کف کنندگی، پایداری کف، ظرفیت امولسیون کنندگی و پایداری امولسیون دو ایزوله پروتئین اثر معنی دار (05/0p<) داشت. همچنین مشخص شد کمترین میزان حلالیت، ظرفیت کف کنندگی و ظرفیت امولسیون کنندگی ایزوله پروتئین شنبلیله در pi معادل 5/4 حاصل می گردد. در منحنی dsc هر دو ایزوله پروتئین دو پیک مشاهده شد که موید درصد پروتئین بالا با فراکسیون های متنوع می باشد. ایزوله پروتئین تجاری سویا در مقایسه با ایزوله پروتئین شنبلیله به علت برخورداری از میزان اسیدهای آمینه هیدروفوب و گوگرددار بیشتر دمای دناتوراسیون و آنتالپی بیشتر داشت.