برنج از گیاهان زراعی مهم ایران و در مناطق وسیعی کشت می شود. از این رو می تواند در ژنتیک آن تنوع ایجاد گردد. شناخت تنوع ژنتیک در ژرم پلاسم گیاهی یکی از قدم های اولیه و زیربنائی برای برنامه های به نژادی می باشد. در این تحقیق تنوع ژنتیک تعداد 28 نمونه از توده های برنج هاشمی که از استان های گیلان و مازندران جمع آوری شده بودند با استفاده از نشانگر ریزماهواره، مورد بررسی قرار گرفت. dna، نمونه ها استخراج شده، با استفاده از 9 آغازگر ریزماهواره در واکنش زنجیره ای پلیمراز تقویت گردید. محصول حاصل بر روی ژل پلی اکریلامید 6% به وسیله الکتروفورز تفکیک گردید. در پایان آلل ها به وسیله رنگ آمیزی با اتیدیوم بروماید مشاهده شد. از 9 نشانگر ریزماهواره، 7 نشانگر پلی مورف و دو نشانگر 111rm و 6643rm مونومورف بوده است. در مجموع تعداد 20 آلل توسط 7 نشانگر پلی مورفیسم با میانگین 2.86 آلل در هر مکان ژنی آشکار گردید. ماتریس شباهت داده ها بر اساس ضریب تشابه جاکارد تشکیل شد و دندروگرام با استفاده از روش upgma و نرم افزار ntsys ترسیم گردید. نمونه های مورد مطالعه به چهار گروه تقسیم شدند که میزان شباهت بین نمونه های مورد مطالعه بین 23/0 تا 100 درصد می باشد. مقدار هتروزیگوسیتی و فراوانی آلل ها با نرم افزار popgene-ver1.31 محاسبه شد. محتوی اطلاعات پلی مورفیسم (pic) به کمک نرم افزار microsatellite tools for excel محاسبه شد. ارزش pic بین 0.07 تا 0.58 با میانگین 37/0 در هر مکان ژنی بود. از بین نشانگرهای مورد استفاده، نشانگر 441rm دارای سودمندی بالایی بوده و حداکثر تعداد آلل و میزان pic به ترتیب 4 آلل و 58/0 داشته و در نتیجه تنوع ژنتیکی خوبی را در بین نمونه های مورد مطالعه نشان داده است. بر اساس نتایج به دست آمده در این تحقیق برنج هاشمی دارای تنوع ژنتیکی بوده و نشانگر ریزماهواره می تواند به عنوان ابزار مفیدی در شناسایی تنوع ژنتیکی نژادهای بومی بکار گرفته شود و از این تنوع می توان در برنامه های به نژادی بهره برداری نمود. همچنین این تحقیق بر استفاده از تعداد نشانگرهای بیشتر برای تشخیص هر چه موثرتر نژادهای بومی به کار رفته تحقیق فوق تأکید دارد.