بیماری شانکر باکتریایی مرکبات یکی از مهمترین بیماریهایی است که سبب خسارت فراوان به کیفیت و کمیت تولید این محصول می گردد. این بیماری در استان های جنوبی ایران و به خصوص در سال هایی که بارندگی زیادی وجود دارد به شدت گسترش می یابد.شناسایی دقیق عامل (عوامل) بیماری و تنوع آن ها در نواحی مختلف کشت مرکبات و تشخیص موثر، سریع و مطمئن عامل بیماری با نگرش به وضعیت تاکسونومیکی اخیر آن ضروری به نظر می رسد. بدین منظور در چندین نوبت اقدام به نمونه برداری از برخی باغ های آلوده در استان های کرمان، هرمزگان، فارس، سیستان و بلوچستان و ایلام گردید. به منظور بررسی موقعیت دقیق عوامل شانکر باکتریایی مرکبات، برخی آزمون های معمول فنوتیپی و بیوشیمیایی، بیماری زایی، مقایسه الگوی اثرانگشتیdna ژنومی به روش rep-pcr، تعیین توالی ناحیه 16srdna و سه ژن نیمه حفاظت شده ی gyrb، atpd ، dnak در نمایندگان جدایه های به دست آمده از استان های مختلف کشور انجام شد. نتایج کلی نشان داد که جدایه های xanthomonas citri subsp. citri به دست آمده از ایران تنوع قابل ملاحظه ای نداشته و متعلق به گروه شانکر آسیایی (تیپ a) می باشند. در بررسی الگوی اثر انگشتی ژنوم، نشانگر eric-pcr توانایی بهتری در نمایش تنوع میان جدایه های عامل شانکر در ایران دارد. با توجه به نتایج آزمون بیماری زایی، الگوی اثرانگشتیrep-pcr و نتایجبررسی توالی بخشی ازژن atpd می توان جدایه های ایران را جزو ایزوله های غیرتیپیک آسیایی (a*) طبقه بندی نمود.در ردیابی جدایه‎ها با چهار جفت آغازگر اختصاصی نتایج نشان داد کهبرخی از آغازگرهای اختصاصی xcc قطعه موردنظر را در باکتری های غیرهدف نیز تکثیر کرده و اختصاصیت لازم را برای ردیابی عوامل شانکر ندارند. در بررسی های بیماری زایی، گروهی از جدایه ها که تعلقی به باکتری xcc نداشتند، توان ایجاد علائم شبه شانکر روی گریپ فروت و لیمومکزیکی داشتند. شناسایی این گروه از جدایه ها پس از چندین نوبت تکرار آزمون بیماری زایی نشان داد که باکتری pantoeaagglomerans به عنوان همراه بیماری شانکر مرکبات در ایران وجود دارد. این نخستین گزارش از همراهی باکتری مذکور با بیماری شانکر در مرکبات است.برای شناسایی صحیح عوامل شانکر باکتریایی مرکبات و نیز سایر باکتری های بیماری زای گیاهی در ایران استفاده از تاکسونومی پلی فازی و چندجانبه پیشنهاد می شود. با توجه به تفاوت علائم در شانکر تیپیک و غیرتیپیک، آزمون های بیماری زایی دقیق و گسترده با بررسی دقیق علائم بیماری و دامنه میزبانی پاتوژن که با توان بیماری زایی آن در ارتباط است، و نیز بررسی های ژنوتیپی عوامل دخیل در بیماری زایی می تواند در تشخیص دقیق عوامل بیماری شانکر مفید باشد.