صفات تولید شیر، صفات اقتصادی مهم در صنعت گاو شیری هستند که به عنوان صفات کمی که تحت تأثیر محیط و ژن های زیادی قرار دارند، در نظر گرفته می شود. ژنتیک مولکولی می تواند با روش های سنتی انتخاب مصنوعی روی فنوتیپ، با بکارگیری انتخاب به کمک نشانگر (mas)، به منظور توسعه سیستم های کارآمدتر انتخاب، توأم شود. ژن های خاصی به عنوان کاندیدهای بالقوه در ارتباط با صفات عملکردی شیر ارائه شده اند، در میان آن ها به نظر می رسد که ژن ارسال کننده پیام و فعال کننده نسخه-برداریstat5b) 5b)به دلیل نقش محوری در شیردهی و سوخت و ساز بدن و ضرورت وجود آن به منظور بیان هورمون رشد، امیدوار کننده باشد. محصول ژن cd4 برای شناسایی پاتوژن های خارجی و تسهیل انتقال پیام و فعال سازی سلول های لنفوسیت t به منظور حذف عامل میکروبی ضروری است و می تواند کاندیدای نویدبخشی برای کنترل میزان سلول های بدنی در شیر باشد. هدف از این مطالعه بررسی چندشکلی ژنتیکی ژن های stat5b و cd4 و ارتباط آن چندشکلی ها با صفات تولید شیر و نمره سلول های بدنی در گاوهای شیری استان خراسان رضوی بود. نمونه های خونی از 150 رأس گاو شیری هلشتاین متعلق به شش گله جمع آوری شدند و dna به روش بهینه یافته نمکی- کلروفورم استخراج شد. یک قطعه337 جفت بازی از اگزون 16 ژن stat5b ویک قطعه 212 جفت بازی دربرگیرنده اینترون شش ژنcd4 بوسیله واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) تکثیرشدند. قطعات تکثیر شده بر روی ژل پلی آکریل آمید الکتروفورز شد و با استفاده از نیترات نقره رنگ آمیزی شدند. برای ژن stat5b پنج ژنوتیپ aa، bb، cc، ab و ad به ترتیب با فراوانی 0/0667، 0/1933، 0/2067، 0/6644، 0/867 مشخص شد. درصد فراوانی آللی برای این ژن برای آلل های a،b ، c و dبه ترتیب 33/33، 41/67، 20/67 و 4/33 بود. سه ژنوتیپ با فراوانی 0/1467(aa)، 0/2267 (bb) و0/6266 (ab) برای ژن cd4 مشاهده گردید؛ فراوانی آللa و b برای این ژن به ترتیب 0/4571 و 0/5429 بود. ارتباط چندشکلی و صفات مطالعه شده بوسیله رویه ی مختلط نرم افزار (9.1) sas ارزیابی شد. نتایج نشان داد که چند شکلی ژن stat5b بطور معنی داری با تولید شیر مرتبط است (0/0004>p). چند شکلی در ژن مذکور با درصد چربی شیر و درصد پروتئین شیر فاقد ارتباط معنی دار آماری بود. نتایج حاصل از بررسی ارتباط چندشکلی های موجود در ژن cd4 با نمره سلول های بدنی نیز نشان داد که ارتباط معنی داری بین این چند شکلی ها و صفت مورد مطالعه وجود دارد (0/0004>p). در مورد صفات تولید شیر و نمره سلول های بدنی به ترتیب ژنوتیپ های cc و aa بهترین عملکرد را داشتند.